前促轉會副研究員吳佩蓉指控國民黨南投立委參選人林明溱碩士論文涉嫌抄襲，還比對出現任南投市代會副主席張秦瑞疑似為林明溱代寫論文，她直指兩人學位都應該被取消，並質問國民黨主席朱立倫「要繼續矇眼瞎挺林明溱？」面對這麼明顯的抄襲卻視而不見「看來朱立倫遠不如江啟臣啊！」
針對吳佩蓉點名涉嫌抄襲及代寫碩論，張秦瑞說，對子虛烏有的言論一概不予回應；林明溱則呼籲綠營停止抹黑，其競總建議外界若對碩論質疑，可向校方申訴。林明溱立委競選總部發言人、兒子林儒彬強調，林明溱碩士論文的內容都是個人親身經歷、獨創內容，絕對經得起考驗。
吳佩蓉也再度揭露，林明溱的碩論與張秦瑞在2007年完成碩論兩者內容有多處重疊，篇幅多達5到6頁，不是純文字，還包括三張圖表。懷疑張秦瑞代寫論文有幾個原因，林明溱論文完成於2010年，張秦瑞當時是林明溱的法案助理；張秦瑞自暨南大學畢業後考上中山大學博士班，曾參與指導教授的委託研究案，並與老師一起掛名，主題均與林明溱碩論題目近似。
吳佩蓉提到，張秦瑞博論題目為「社區參與災後重建推動模式之研究」（2015年），部分段落也與林明溱碩論重複，而張秦瑞並未將林的著作列入參考書目。張秦瑞指導老師為中山大學郭瑞坤教授，他在2011拿到行政院研考會委託案（大規模災難災後重建社區營造機制之研究），經費100萬元，張秦瑞掛名研究員。
吳佩蓉比對這份報告和林明溱碩論後發現，兩者居然有有多處雷同，而郭瑞坤和張秦瑞兩人未將林明溱列入參考書目中；郭瑞坤和張秦瑞2012年共同發表的「災後社區重建機制:解析九二一地震和莫拉克風災重建經驗」，也有數個段落與林明溱碩論重複，同樣沒把林明溱列入參考書目。
吳佩蓉進一步指出，郭瑞坤和張秦瑞的文章段落之所以會與林明溱的論文有重疊之處，最有可能的狀況是「張秦瑞當年是林明溱碩論的代寫者，他一邊幫教授蒐集資料，一邊準備自己的博士論文，一兼二顧，摸蜊仔兼洗褲，順便幫立委老闆寫碩論。」
吳佩蓉續指：「另一種情境可能是，在林明溱仗勢威逼之下，張秦瑞不得不協助林明溱完成論文，既然都得整理資料，他自己的論文主題跟著轉向，側重災後重建的相關議題。奉勸林明溱和張秦瑞出面向社會大眾清楚交代，在2010年，一個是立委，一個是立委助理，卻知法犯法，抄襲他人著作與代寫論文，兩人的學位都該被撤銷。」
吳佩蓉最後再問朱立倫：「你要繼續矇著眼瞎挺林明溱嗎？在林智堅論文抄襲案爆發後不久，朱立倫曾批評蔡英文總統是教授出身，只要她肯花5分鐘比對一下，『小學生、老師都看得出來絕對有問題，百分之百有問題，是抄襲的！』面對這麼明顯的抄襲卻視而不見，看來朱立倫遠不如江啟臣啊！教育部可以不要當路人甲嗎？2011年研考會主委是朱景鵬」。
