前新竹市長林智堅14日透過臉書首度坦承論文有寫作瑕疵，並向社會大眾致歉。不過指導教授、前國安局長陳明通深夜發聲明重申林智堅沒抄襲余正煌論文，堅稱余正煌所舉證的2016年01月05日論文進度，沒有一個字出自余正煌自己的手筆，他自爆：「是本人客製化臺大國發所論文寫作『公版』」，卻遭到在野陣營輪番撻伐，網友也接連諷刺：「所以他自己承認有公版，賣學歷？」、「意思就是大家都是抄公版的，別分那麼細」、「學術論文有公版真天下奇聞」。

陳明通表示，他公開自己以林智堅輔佐人身分參與教育部訴願案時提供的資料完整陳述、比對林智堅與余正煌論文寫作的時序與寫作進度，藉此釐清論文爭議、還原事實始末，以期還林智堅遲來的正義與公道。當中提到，余正煌所舉證的2016年01月05日論文進度，也是余正煌能舉出的最初論文寫作版本中，沒有一個字出自余正煌自己的手筆，而是他為了協助余正煌更改論文題目後，能在畢業期限的半年內完成論文口試所預置的內容「是本人客製化台大國發所論文寫作『公版』」。

陳明通進一步指出，2016年1月2日完成後，2016年1月5日當面email給余正煌，因他當時沒有攜帶隨身碟。裡面的內容除了論文的註釋或註解寫法，以及參考文獻的寫作格式舉例外，每一個字句，包括論文架構、章節安排、研究對象與資料來源、分析工具、全部論文17個統計表格，以及如何解釋這些表格的示範寫法，他說：「這些都是本人的創作，目的為了教導余正煌，讓其能夠快速進入寫作狀況」。

陳明通強調，余正煌雖然獲得論文寫作底稿，但對一個選舉實證研究領域的初學者而言，仍出現寫作困難，在收到底稿後將近1個月，余正煌幾乎沒有寫作進度，特別在論文最核心的「研究設計」部分，眼見口試期限將至，因此自己將指導林智堅的創作結果提供給余參考，余正煌才能在2016年3月8日email其所完成的研究計畫初稿。事實上是余正煌參考林智堅的創作成果，但林智堅並無抄襲余正煌的論文，台大學倫會的判決實為一大冤案。

對此，國民黨立委賴士葆在臉書發文痛罵，陳明通「將台大國發所在職專班學店化」，玷汙了台灣杏壇，真的是「台大教授中的一顆屎，臭不可聞！」中廣董事長趙少康則批評，陳明通是「學術界之恥」，從沒聽過指導教授發學位當生產線一樣，有個公式就可以畢業取得學位，還可笑的說論文寫作「搞出一套公式」，是要毀掉台大國發所？余正煌的律師張佑齊直言，余正煌顧念師生情誼一直容忍陳明通的顛倒是非，現在連林智堅都承認論文有瑕疵，陳明通卻還繼續汙衊，因此考慮提告。

陳明通的辯詞傳至網路論壇PTT後也引發嘩然，網友紛紛痛批：「意思就是大家都是抄公版的，別分那麼細」、「論文還可以有公版喔」、「翻譯：他們都是拿我給的公版改啦」、「客製化公版論文...真的是大言不慚耶」、「承認有公版論文，那其他100多人也抄公版喔？全部都該查了」。也有網友質疑若是公版，陳明通能否拿出其他參考過所謂公版的論文？為什麼公版會是2016年1月2日建立，1月5日寄給余正煌來用？該不會「用過這個公版的只有余跟林吧？」