前新竹市長林智堅論文抄襲風波被民進黨視為是九合一選舉大敗的主因之一，並在調查局新竹市調查站調查官余正煌提告後進入司法程序。林智堅14日為學倫爭議紛擾及寫作瑕疵向社會致歉，同時宣布決定向教育部撤回對台大學位的訴願。對此，旅美學者翁達瑞為他叫屈：「若民進黨連林智堅都無法保護，那平民百姓受到冤屈時，豈更不能寄望民進黨的保護」。
翁達瑞在臉書Po文說：「教育部駁回中華的學倫調查訴願，林智堅決定不提行政訴訟。林智堅也決定撤回在教育部的台大學倫調查訴願。這表示林智堅選擇吞下他的冤屈。對林智堅的決定，我尊重，但仍感到萬分不捨。林智堅在中華與台大的碩士論文，撰寫的過程『或有瑕疵』，但問題絕對不在抄襲。兩校以抄襲的罪名撤銷林智堅的學位，皆是不可承受的冤屈。」
翁達瑞指出：「中華與台大做出抄襲判定後，林智堅面臨龐大的壓力。黨內有人要他認錯道歉，避免波及選情。林智堅最後決定退選，以平民身分找回清白。儘管選舉已結束，林智堅面對的壓力沒有減輕。敗選之後，民進黨內『清理戰場』的聲音擴大。林智堅反變成敗選的戰犯。」
翁達瑞續指：「民進黨官網的『闢謠專區』本來有一篇公告，為林智堅的清白澄清。近日，這篇公告已被撤下。這應該是壓垮林智堅的最後一根稻草。我跟林智堅非親非故，原本就不相識。我跳出來力挺他，純屬路見不平。中華與台大的學倫調查泛政治化，將抄襲罪名強加在林智堅身上。」
翁達瑞強調：「中華可以質疑林智堅的『一稿兩用』是否過當，但調查重點應放在教授的專案轉包過程，而非林智堅是否涉及文字抄襲。中華大學偷天換日的調查，就是縱放教授，冤屈學生。可歎的是，教育部的訴願審查也虛實不分，全盤接受一個名不符實的調查結論。」
針對林智堅與余正煌的論文抄襲爭議，翁達瑞主張，台大私吞林智堅的研究計畫，理由是林智堅無法證明他是原創者。即便林智堅的研究計畫也出自陳明通，那也是余正煌抄襲陳明通，不會是林智堅抄襲余正煌。根據他的判斷，林智堅在教育部的訴願應有很大的勝算，因為白紙黑字的證據無從否定。
翁達瑞分析：「林智堅決定撤回訴願應是政治考量，因為不管結果如何，民進黨都是輸家。如果林智堅訴願輸了，這會進一步坐實他的抄襲罪名，民進黨要概括承受。如果林智堅訴願贏了，民進黨會被指控政治介入台大的學倫調查。在民進黨雙輸的壓力下，林智堅決定吞下冤屈。」
對於林智堅「蒙受的抄襲冤屈」，翁達瑞認為「民進黨的選舉考量多於對是非公理的堅持。這樣的表現不像我支持的民進黨。林智堅是否涉及抄襲，民進黨可輕易判定，因為白紙黑字的證據充足。依據多年的學界經歷，我認定林智堅並未涉及抄襲，即便他的論文有其他瑕疵。」
翁達瑞直言：「假如民進黨也有相同的認定，卻不願幫助林智堅洗刷冤屈，這讓我感到失望。如果民進黨仍不了解林智堅的冤屈，這也讓我失望。林智堅是民進黨的重要從政黨員。若民進黨連林智堅都無法保護，那平民百姓受到冤屈時，豈更不能寄望民進黨的保護。」
翁達瑞建議：「民進黨真要清理論文抄襲的戰場，應該站在『是非公理』的格局，而不是端出『切結審核』的雕蟲小技。政治人物被控論文抄襲，各黨派都有，背後有複雜的文化、法律、政治、司法、教育、媒體等結構性的問題。這是台灣的歷史共業，不是民進黨專有的政治包袱。」
翁達瑞呼籲：「民進黨要清理論文抄襲的戰場，應聚焦在『政治人物崇拜學歷』、『高等教育商業化』、與『高教法令落後過時』等面向。這三者都是大題目，不是一黨一派所能解決。選舉勝負固然重要，但台灣社會也不能沒有是非公理。這是我給民進黨的諍言。」
翁達瑞指稱：「林智堅投入政治多年，但仍保有台灣人傳統的厚道與靦腆。正因為這樣，林智堅遭受的冤屈更讓我感到不捨。撤回了教育部的訴願，林智堅還要繼續面對余正煌的著作權訴訟。我判斷余正煌會撤回告訴，因為沒有勝訴的證據。如果余正煌沒撤告，我預期林智堅會贏回該有的清白。」翁達瑞並在文末「給林智堅一個深深的擁抱！」
