新竹市長林智堅碩士、博士論文雙雙涉嫌抄襲引發關注，作為指導教授、現任國安局長陳明通今（5日）出面稱，林智堅才是博士論文問券的設計者，只是較晚畢業，才導致外界誤解抄襲台大國發所碩士生余正煌的論文。對此，國民黨市議員參選詹為元抨擊，余正煌的指導教授是李碧涵，論文寫不出來要找也是找李碧涵，去找你陳明通幹嘛？邏輯上根本狗屁不通。
除了中華大學的碩士論文外，林智堅再被爆出，連選上新竹市長後才去唸的台大國發所碩士論文，都有抄襲嫌疑。陳明通因此出面解釋，他是林智堅的指導教授，必須澄清一下，問卷的原始設計者是林智堅及其競選團隊，是余正煌拿林智堅的資料寫論文。且因余正煌原撰寫的碩論計畫不理想，想換題目，他徵得林智堅的同意後，才將林智堅的民調資料給余正煌使用。
詹為元則質疑， 余正煌指導教授是李碧涵，論文寫不出來要找也是找李碧涵，去找陳明通幹嘛？邏輯上根本狗屁不通。加上余正煌能使用林智堅選舉時的民調資料，代表兩人關係匪淺，然後又寫差不多的題目，彼此借看的可能性極高。
詹為元強調，真正的問題核心不是林智堅講得什麼主題不同，也不是余正煌跟林智堅的關係為何以及誰是原創者？重點是林智堅的論文除了抄襲整段就算了，許多地方根本沒有引註。
詹為元舉例稱，余正煌論文第11頁前兩行有個夾頁註是（陳光輝、洪昭明，2013：379-386），但到了林智堅論文的第9頁，前兩行文字與余正煌一模一樣，但卻沒寫任何引註，光是這點就構成抄襲了，因為在學術的場域裡，沒寫引註就代表是自己原創的話，這樣對於真正原創者是種侮辱。更最具爭議的就是寫錯許明財美國大學校名的事情，怎麼可能兩篇論文除了把人名改成ABC之外，其他文字一模一樣，連錯字都一模一樣。
詹為元諷刺稱，他們當初念研究所寫論文時受到嚴格的學術倫理訓練，不要因為一個政治人物，就把理念搞得蕩然無存，這些疑問如果教育部以及各個大學教授都能接受，那以後研究生的論文就好寫了，這可以算是林智堅的功勞吧！「這不是什麼政治抹黑，而是你自己對自己的論文不負責，現在遭到報應而已！」
