中央流行疫情指揮中心3月31日公告國內本土個案創新高新增87例，其中大潭電廠外包商再增加10例確診，顯示相關群聚還有擴大趨勢。當晚有消息傳出，在第一波大潭移工染疫確診之後，大潭電廠高層找上桃園市政府，指北部施工處為免除「衝擊工程進度」已擬具積極防疫作為，讓不少原本應該匡列隔離的中高階主管，改列自主健康管理；大潭工區所謂的「分倉分流」，也只是虛應故事，沒有真正落實。桃園市政府則強調相關匡列原則皆依照規定辦理，也經由疾管署防疫醫師決定。
《新頭殼》接獲知情人士爆料，3月29日下午多位大潭電廠高層主管赴桃園市政府拜會，稱北部施工處接獲士林衛生所通知可能會有「第二波」居家隔離名單，並向桃市府解釋積極的防疫作為，同時說明第二波名單中，包含中高階主管甚多，恐嚴重衝擊工程進度。事後桃園市衛生局通知，多位中高階主管經評估列為自主健康管理，可返家及上班，僅須遵守相關自主健康管理相關防疫規定，北部施工處並啟動異地辦公等相關作為。
該知情人士指稱，根本沒有所謂「第二波」居家隔離名單，推測極可能是中高階主管「不想浪費」清明連假的活動安排，而以「衝擊工程進度」為由，免除可能被匡列隔離的狀況。若猜測為真，則形成極大的防疫破口。大潭工區所謂的「分倉分流」，也只是虛應故事，僅是在大禮堂弄了一個臨時辦公室，讓各部門部份人力在該地點上班，但廁所、茶水間仍是共用，大家還一起訂便當，進出也都沒有管制。跟原本設想部份人在大潭、部份移到林口的「異地辦公」差距甚遠。
對此，桃園市政府新聞處長詹賀舜表示，有關媒體報導，台電至市府溝通調整匡列原則並非事實。相關匡列原則皆依照規定辦理，也經由疾管署防疫醫師決定。桃園市政府皆在第一時間匡列居隔，相關匡列與疫調都在拜訪前完成，台電拜會後也並無改變。另外，該工程處確診個案為台北市個案，相關疫調也由台北市進行，也都依照標準辦理。該爆料與事實不符。疾管署回應，尊重地方政府職權，將在詳細了解後統一對外說明。
