國立清華大學校友會與中國大陸廈門市政府、北京清華大學在新竹清大校內共設「清華海峽研究院」、「清華海峽研究院新竹辦公室」，遭質疑遭中共勢力入侵。對此，教育部昨（9）晚表示，跨部會小組已前往清大查察，初判自強工業科學基金會違反兩岸條例，將依法裁罰新台幣50萬元以下。另外，教育部長潘文忠昨在立法院答詢說，將全面盤點其他大專院校有無類似違法情形。
教育部指出，昨天已與經濟部、陸委會組專案小組前往查察，發現該辦公空間在清大育成大樓五樓，由自強工業科學基金會向清大租賃，再轉租廈門清華海峽研究院，並由該基金會代管空間。初步研判，違反兩岸條例第三十三條之一，將移請該基金會主管機關經濟部裁罰。
至於設立「清華海峽研究院新竹辦公室」部分，教育部也表示，可能涉違反兩岸條例四十條之二，將與經濟部查證先前掌握事實，並請陸委會提供法律認定意見後，依法裁罰。教育部說，將請清大校方說明釐清與自強工業基金會、校友總會及清華海峽研究院（新竹辦公室）的產學研究合作等情形。清大校方8日曾說，該機構非屬清大，校方未曾知悉或參與其中運作。而基金會也在事發當日即發聲明指出，有鑒於租用單位適法疑慮，將於15日提前中止租約。
潘文忠在接受民進黨立委羅致政質詢時說，已督導清大立即停止使用場地並撤離。教育部再度發函各大專校院，與中共黨政軍相關合作就是觸法，強調「這不是一般學術交流」，另外，將會全面盤點各大專院校是否有類似情況。
教育部指出，兩岸教育交流目的是促進相互了解，應本著「平等互惠」原則，遵循兩岸條例、相關法規及現行政策，辦理各項教育交流活動。師生參與兩岸教育交流活動，及校內空間對外租賃或開放運用時，則應符合兩岸條例第卅三條之一規定。
教育部提醒，若未經主管機關許可，各大專院校不可與中共黨務、軍事、行政、政治性機關及團體，或涉及對台政治工作、影響國家安全或利益等的機關，從事任何形式上的合作。
