日本厚生勞動省 26 日宣布，因國內多個疫苗接種站所使用的同一批莫德納疫苗中含有「肉眼可見的雜質」，可能含有金屬成分，其餘的 163 萬劑疫苗目前已經暫停使用。但在停用前，一部份疫苗已經施打，而有兩名 30 多歲、無慢性病史的男性在接種同批疫苗後不幸身亡。
根據《讀賣新聞》報導，日本在東京、埼玉、茨城、愛知等地的 8 個接種站發現莫德納疫苗瓶內含有雜質，被推測可能為金屬片，這批特定序號的疫苗皆為西班牙 Rovi 製藥廠所生產，已配送至 863 個接種站。在被發現有雜質後，日本厚生勞動省立即停用該工廠所生產約 163 萬劑的疫苗。
26 日時，厚生勞動省曾表示，有可能是在疫苗製造過程中，用橡膠瓶栓封裝疫苗藥液瓶時，混入橡膠顆粒，若雜質是橡膠顆粒，不會影響人體健康。
報導指出，雖然急喊停，但已有 2 位民眾接種完疫苗後身亡。其中一名 38 歲男性 15 日接種後出現發燒症狀，17 日退燒，但於 18 日被發現在家中死亡，另一名 30 歲男性 22 日接種完也出現發燒症狀，於 24 日一時退燒並照常出勤，但於 25 日早上死亡。
據日本當地媒體 30 日報導，30 歲男性死者的家屬在接受採訪時表示，死者生前不僅未有慢性病史，生活習慣良好，沒有抽煙喝酒的習慣，死者父親在受訪時吐露，「沒想到兒子竟然（死亡），難過得無法自已」。
對此，根據NHK報導，美國莫德納廠的回覆 :「將與厚生勞動省合作緊急並公開透明地調查涉事疫苗，調查清楚後將立即公開結果。」
西班牙 Rovi 製藥廠則表示，受汙染的僅限於部分供應給日本的疫苗，藥廠生產疫苗作業並未中斷。Rovi 主要替美國以外的客戶處理疫苗最後填裝完成階段作業。
