澎湖縣醫療資源不豐，重大傷病多數後送或到台灣就診。但三級警戒以來航班銳減，讓民眾跨海就醫之路更加艱難。有民眾5月中預約到高雄就醫，卻因訂不到機票至今無法成行。除了機位一位難求，也有人抱怨搭機需附上切結書及寫有「病患適合搭民航機」字樣的診斷書。對此，澎湖縣政府表示，有就醫需求的民眾可洽1999，縣府會盡力協助優先搭機。

70歲的石先生表示，他罹患肝癌，想到高雄長庚做微創手術，澎湖在地醫師5月替他開轉診單，預訂7月12日進行手術，結果爆發疫情一直買不到機票，想排候補但每班次名額稀少，未能順利「搶位」，且就算如願去高雄看病，也不確定能否如期返回澎湖。

43歲的陳小姐罹甲狀腺癌，今年6月時肋骨抽筋痛到後背，澎湖當地醫院多科因疫情停診，她只能在各家醫院間奔波。後來病情惡化成雙側肺積水，她選擇到台灣求診，好不容易請託在地議員歐中慨協助安排到高雄榮總住院，結果機位難求、候補也搶不到，航空公司甚至要求簽切結書，並持寫有「本患者可搭民航機」字樣的診所書才能登機。日前她趕搭飛機前為了一張要標註可搭民航機的診斷書奔波索取，卻因幾分鐘之差搭不上機，一波三折的歷程讓她直呼感覺被刁難。

澎湖縣政府發言人陳其育表示，航班增減涉及整體防疫策，運能還需逐步進行動態調整。但疫情期間，民眾如有就醫需求，可撥打1999，縣府會盡力協助安排優先搭機。