中國武漢肺炎疫情爆發之際，83歲的中國工程院士鍾南山出任中共國家衛健委高級別專家組組長，臨危受命趕往武漢防疫最前線支援，不少中國民眾把他視為抗疫英雄。但是，鍾南山先前在影片中喝「安慕希」牛奶遭批違法業配，幫中藥「連花清瘟」背書也被瑞典專家打臉「對治療武漢肺炎無效」接連引起爭議；對此，鍾南山聲稱自己完全不知情，並否認商業代言，還辯稱：「我怎會做那東西」。
綜合媒體報導，《央視》前電視主持人崔永元7日在網上發布影片披露，中國國家衛健委高級別專家組組長鍾南山及其團隊收受伊利集團人民幣500萬元（約新台幣2109萬元）的捐贈，為該企業旗下的「安慕希」牛奶以「打扮成新聞報導的廣告」違法宣傳。崔永元表示，企業和報紙明知道「廣告法」，還明目張膽地違反，如果鍾南山也知道，還為企業做這種違法宣傳，他直言「中國沒救了」。
另外，鍾南山團隊研究宣稱，連花清瘟有抑制武肺病毒細胞複製的作用，他也曾在記者會上推薦連花清瘟膠囊，強調它能改善患者症狀。中國國家藥監局也於4月14日正式批准連花清瘟在藥品「功能主治」中添寫，可用作治療武肺輕症病例。讓以嶺藥業股價再度一飛沖天。與此同時，以嶺藥業大股東、董高監及其相關親屬持續減持。中媒《新京報》報導，6人累計套現近3億人民幣。
然而，微信公眾號「魚眼觀察」日前發文指出，吳以嶺和鍾南山的關係似乎非同一般，與鍾南山同為中國工程院院士。媒體曾報導，吳以嶺和鍾南山去年9月在廣州醫科大學成立了「南山-以嶺肺絡聯合研究中心」。鍾南山作為連花清瘟相關企業資助的專家，卻來主持驗證連花清瘟對於武漢肺炎治療是否有效，引發外界質疑。而「連花清瘟」被瑞典認為其藥效不明，明文禁止該藥品入關。也被加拿大認定是「違法藥品」，不得在該國販售。
根據內媒《紅星新聞》報導，對於被外界質疑為安慕希、連花清瘟等企業產品作商業廣告等行為，鍾南山向記者表示，「你和我說的事情，我一概不知情，謝謝你告訴我。」並稱，類似傳聞太多，所以不會去管它，也根本不在乎。他強調，自己從來沒有給任何企業和產品代言，並反問說：「我怎麼會做那些東西？搞那個和我的業務有什麼關係呢？」
不過，網上流傳一段鍾南山飲用乳製品的影片，他在影片中說：「我從小喝牛奶，現在每天都要喝兩瓶，有時候吃的少，但是牛奶還是一直在喝，因為它的營養很全面。我正好晚上要開會，所以留一個『安慕希』，正好用這個來頂肚子。信得過伊利，就是因為高質量」；鍾南山4日為留學生直播防疫知識時聲稱，現在全球尚未發現直接抗病毒的藥物，但「連花清瘟」適合於80%以上的普通患者，「進行實驗後，我有底氣、有證據來說，連花清瘟真的有效」。
