有立委質疑小三通路線貨運仍有和對岸人員實際接觸疑慮，恐成防疫破口。對此，指揮中心副指揮官陳宗彥回應，航港局從3月19日就已經依照指揮中心標準訂定SOP，小三通貨運船員只要下船、出港一定要居家檢疫，2、3月已開立300多張居家檢疫書，一切都正常運作。
國民黨立委徐志榮、蔣萬安認為，小三通路線從本島到離島再接至中國港口，分成國內航線與國際航線，雖然對岸港口運貨入港不入境，但仍有實際接觸疑慮，回台灣卻只要報備從離島到本島的路線，恐成防疫破口。副指揮官陳宗彥對此回應，立委可能並不是這麼清楚詳細狀況，和實際狀況有點落差。
陳宗彥表示，航港局3月19日就已經依照指揮中心標準，對小三通中轉船訂了SOP，如果下船、出港一定要居家檢疫，2、3月開立的居家檢疫書有300多張。
陳宗彥說明，這部分負責機關涵蓋航港局、移民署國境大隊、各港務警察總隊和中央流行疫情指揮中心，原本就已納入中轉船管理機制中。
