華航機師罷工風波最後在交通部與勞動部主持下和平落幕，工會及相關人員仍憂心華航會對此秋後算帳，對此勞動部表示，華航依法不得對工會及會員因其參與罷工而有不利待遇。

勞動部長許銘春曾在先前協商會後記者會中，公開表示機師工會這次的爭議行為是合法的，華航公司方面也表明了解《工會法》與《勞資爭議處理法》相關法規，並不會對公司人員有不利待遇，勞動部也明確下達要求華航方面不得對工會及會員本次罷工行為和言論有所懲罰與追究。

勞動部勞動關係司長王厚偉表示，因為交通部是華航最大的股東同時也是主管機關，因此希望透過交通部協助輔導華航，而這次機師罷工是奠基於勞資爭議處理法的合法爭議行為，華航方面也明確瞭解工會法第35條及勞資爭議處理法第55條規定，不會對參與參與這次罷工行動相關人員有不公平待遇。

王厚偉也提及，歷經了機師公會與華航公司間的協商後，勞資關係已開始新的展望，勞動部將以公文形式公開部長的發表內容，並發函給交通部及桃園市機師職業工會，公文中也再次確立將與交通部共同協助華航公司遵守相關規定，並持續與機師工會搭起溝通橋樑，以穩固勞資關係，避免再發生罷工爭議。