針對台北市長柯文哲今（17）日質疑行政院長賴清德的「台獨說」，「總統跟行政院長想法不太一樣，的確怪怪的」，總統府秘書長陳菊表示，賴清德在兩岸關係上完全尊重總統的職權；兩人兩岸政策一致。
總統蔡英文今日進行台東施政成果訪視，下午並由總統府秘書長陳菊與媒體茶敘。媒體提問，陳菊曾表示，戰士沒有選擇戰場的權利，她是否可能投入台北市長選舉，陳菊說，民進黨昨天非常負責確定啟動徵召程序，至於人選選對會也都在評估，她尊重選對會的最後的評估。至於誰會是最強的人，民調只是其中之一。
陳菊說，之前提到戰士沒有選擇戰場的權利，主要是要離開高雄市長時，她也可以選擇退休，但如果輔佐蔡總統是大家的期待，她只能全力支持她。現階段，輔佐蔡總統完成台灣社會改革，才是她選擇戰場中最重要的工作。
對於蘇貞昌公布陳菊已經答應擔任他競選總部主委，陳菊說，蘇願意承擔新北市這場選戰，也是民進黨選舉的重中之重，全黨應該全力以赴，為他助選。至於職務是什麼，她認為職務不是那麼重要，「所有參與這場選戰中，所有人都是主任委員，每個人都是非常重要的助選員」，她會尊重蘇院長競選團隊的規劃。
對於台北市長柯文哲批評行政院長賴清德務實的台獨工作者談話，與總統蔡英文的兩岸政策不一致，「怪怪的」，陳菊說，對於柯文哲的任何言論，她沒有評論。但他說行政院長與總統在兩岸關係，她認為，賴清德院長在兩岸關係上完全尊重總統的職權。賴清德所要表達的內涵與總統主張沒有差異。只是當時賴院長在備詢時說明台灣前途決議文，「在兩岸政策，總統與賴院長他們是一致的」。
