大學自治不是漫天喊價，也不是信口開河；政大法學院副教授林佳和投書蘋果日報指出，台灣校長遴選案爭議，風暴核心其實是法律爭議。大學就像許多組織，仍有法定框架下的自主形成空間，法治上應該加以尊重。但整個台大校長遴選爭議中，大家都忘了「校務會議」是大學內部最高權力機關，負有針對校長遴選的應遵守程序、實體標準、或爭端之處理之責任與義務。而在大學自治的法律要求下，依法行事，不論大學內部校務會議或外部教育部，對於台大校長遴選爭議，皆負有積極審查以及澄清程序和實體爭議的責任與義務。而透過大學內外關係的合法性監督，大學自治的核心精神與價值才得以獲得真正的保障。
林佳和指出，大法官在釋字563號解釋：「憲法第11條講學自由賦予大學教學、研究與學習之自由，並享有自治權」。國家對於大學監督，依憲法第162條，應以法律為之，惟仍應符合大學自治之原則。也就是：(1)大學自治主要指涉研究與教學，享有憲法制度性保障(2)國家對於大學的監督，要符合法律保留，不能違背大學自治精神。
而大學法第9條第1項，公立大學由學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，再由教育部或所屬地方政府聘任。首先，大學校長產生非直接涉及大學自治核心領域，偏向「組織性」事項，同時，教育部針對大學遴選校長後的聘任，就不是形式上、程序上「過水」，而是包括:合法性等實質審查性質的權限行使。教育部扮演：合法性與一定程度適當性的監督，這是法律毫不含糊的要求。
林佳和認為，大學自治必須以保障大學教師研究自由、學術上教學自由為核心、為目標，不是反過來用之以限制或甚至侵害，在此，立法者、乃至於執行法律的行政權，責無旁貸，這才是大學自治的真正精神與要求，何來大學自主決定神聖不可侵犯？如果屬於最核心的教學與研究自由尚且如此，則組織性的事項，例如校長遴選，更何況是行政組織法上屬於國家一份子的國立大學，要高舉大學自治大旗、力斥教育部任何形式的介入與監督，或說政府必須尊重遴選決定，那麼多程序與實體爭議只能視而不見，則令人難以理解，今夕何夕。
林佳和指出，教育部有相當監督權限，至少在合法性上，別無疑問，但當然不是意味著必須回到全國只有一所教育部大學的過去。即便非直接攸關研究與教學，大學就像許多組織體一樣，仍有法定框架下的自主形成空間，法治上應該加以尊重。整個台大校長遴選爭議中，眾人似乎忘了校務會議、這個所謂大學內部最高權力機關的角色：校務會議爭議負有針對校長遴選的應遵守程序、實體標準、或爭端之處理之責任與義務。兩相關照，在大學自治的法律要求下，依法行事，不論大學內部或外部關係，尤其是校務會議與教育部，對於台大校長遴選之爭議，皆負有積極審查以及澄清程序和實體之爭議的責任與義務。而透過大學內外關係的合法性監督，大學自治的核心精神與價值才得以獲得真正的保障。
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