針對民間教育團體質疑108年高中國文課綱審查程序不正義，教育部國教署長邱乾國表示，依照課審大會規定，大會審議不是只有作程序的審查，還包括了實體的審議；而審議過程中，課審大會非常尊重研修小組的專業，所以在審議過程提出任何意見也會與課程研修小組作對話與討論，要調整或修正都會詢問研修小組意見與對話。

針對外界質疑高中國文課網審議大會有非專業的人士，邱乾國回應，課審大會是由課程教學評量、教育階段老師、 家長團體、教育團體所組成外，而非政府委員則是由立委黨派推薦，就每一位委員的專業可適性作審查。

針對文言文爭議，中研院院士王德威等人提出的連署已高達四萬多人，邱乾國指出，這段時間各界提出了不同意見，其實也和課審組成員力的意見非常接近，未來整個會議發言與記錄會公開上網。