「馬習會」後，除了國、民兩黨紛紛互相批評外，連台北市長柯文哲都頻頻被問到相關議題。對此，柯文哲9日下午在市議會備詢時表示，他跟總統馬英九不一樣，中國國家主席習近平說「兩岸是打斷骨頭連著筋的兄弟」，但「打斷骨頭，我就不會跟他交往了！」
柯文哲日前接受台北市議員吳世正質詢時，因不滿議員批評政策跳票，便直接拉椅子坐下聽質詢，事後他解釋，「椅子放在那裡，就是要拿來坐的」。而民進黨議員王世堅下午更準備了一張躺椅，警告柯若不爽，可以直接躺下。
針對「馬習會」，民進黨主席蔡英文指責「馬習會」傷害台灣民主，但柯在受訪時回應「不會啦！還好啦！」他還說，以他跟中國打交道的經驗，大概都是按表操課。對於柯文哲的說法，王世堅不滿地表示，「你這是打臉蔡主席，你的表拿出來我看看，你跟中共按表操課是操什麼表？」
王世堅也質疑，柯文哲曾為了進入中國，不惜說出「兩岸一家親」，以換取進入中國的入場券。但柯文哲否認，強調他是「親兄弟明算帳」，也絕對不會暗通款曲，並自稱是「最堅持本土立場」。
對於馬習會，柯文哲也重申，他之前受訪時就說過，不要為了見面而見面，馬的弱點就是掉進這個陷阱。
不過，王世堅又進一步批評，柯文哲的嘴說別人，馬英九是很糟糕，但柯是五十步笑百步，「你們看言行，就一夥的嘛 ！習近平說打斷骨頭連著筋的同胞兄弟就是在講你！」而柯文哲則妙回，「不會啦！打斷骨頭我就不會跟他交往了」。
至於雙城論壇，柯文哲也強調，當時已說明，有什麼程序就透過市府的大陸事務小組正常處理，不要什麼秘密管道。但他坦言，大陸小組大概要到12月才會開會，「我們只有處理雙城論壇，更高層的，不關我們的事」。而在市議員林世宗的要求下，柯文哲承諾，若中方要堅持一個中國，會請他說明一個中國是什麼東西，如果是一個中華民國，那就可以接受，「我會堅持本土的立場」，「對我來講，一個中國是現階段是一個中華民國」。
另外，林世宗還秀出近期在網路很紅的4格圖片，內容是習近平打電話給柯，詢問如何在與馬英九握手後存活，柯一看到該圖便笑出聲，還說「這個很夯」，他也自豪地表示，「我本來就是醫生，回春之手」。對於林世宗說，馬英九還有半年任期，有很多人還得跟馬握手，柯則回應「請大家自求多福」。
