總統馬英九在「馬習會」中的談話全文9日由陸委會對外公布，而談到飛彈議題時，馬對中國國家主席習近平說，飛彈議題變成「反對黨常常用來批評兩岸關係的口實」，所以盼對岸表示善意，以減少不必要的批評。對此，民進黨立委段宜康質疑，飛彈對著台灣，怎麼會只是反對黨「不必要的批評」？
根據陸委會公布的全文，馬英九在馬習會的閉門談話中，提到「最近外界報導朱日和基地軍演還有飛彈方面的問題，這是反對黨常常用來批評兩岸關係的口實；如果有機會的話，貴方能夠採取一些有善意的具體行動，應該可以減少這一類不必要的批評。」
對於這段全文，陸委會主委夏立言證實，這是「全文照錄」，馬當時確實是這麼說的。至於習近平說，飛彈只是整體性的部署，不是針對台灣民眾，國防部作戰及計劃參謀次長室助理次長唐華指出，國防部的軍事報告書等已陳述，台灣在中國沿海部署飛彈涵蓋範圍內。陸委會副主委吳美紅也表示，中國針對台灣的軍事部署，「大家應該都清楚」。吳也指出，閉門會談是各方提出論述，不是對談性質。
民進黨立委姚文智怒斥，馬英九一副66年來只有自己可以爭取到和中共領導人在國際場合會談，但九二共識、一中各表在公開場合卻沒辦法談，馬習會只像宣傳演說，在習近平面前一下說中客成長多少、陸生來台多少，但是，對於飛彈部署卻輕鬆跳題，還賴給反對黨。
段宜康則在臉書批評，用大白話說，馬英九的意思是，「哥，台灣的民進黨好煩，老是拿飛彈啊什麼的，來駡人。駡我就算了，還駡你耶！」、「哥，他們沒事找事，絕不是我的意思；我可一點兒不覺得什麼東風11甲、東風15乙飛彈有什麼好計較的？也不過才東風，到了北風再來說也不遲，不是嗎！」
段宜康認為，馬英九「連關起門來都這個孬樣！」，飛彈對著台灣，只是反對黨「不必要的批評」，關起門來講的體己話，果然不一樣。
另外，關於馬習會整體，夏立言在回應國民黨立委林郁方詢問是否可打85分時，他回應「差不多。」但在「馬習會」的幕僚作業上，因為準備時間倉促，參與人數眾多，「我自己很不滿意」，分數在「及格邊緣」。
