台北市長柯文哲29日下午原訂與前總統李登輝「閉門會談」，但最後卻開放媒體拍攝，遭質疑公開替台聯站台。台聯晚間透過新聞稿澄清是因諸多「誤會」造成，並對柯文哲造成困擾表示道歉。

台聯強調，尊重柯文哲不參加公開行程，因此柯文哲並未參加台聯和基進側翼的發布會。原本規畫記者們在貴賓室外等候，待他們會談後，要離開貴賓室前，再開放記者堵麥採訪，但是因為現場李辦臨時改變原先規畫，導致各方溝通失誤，因而造成柯文哲困擾，台聯致上最大歉意。

至於媒體報導李登輝基金會祕書長王燕軍表示不知道李總統今天會見到柯文哲一事，台聯表示，黃昆輝主席曾親電李總統報告，27日即送貴賓室的流程給李辦、28日因為流程規畫有若干修正，於是第2次送修正案給李辦。

王祕書長擔任過總統隨扈，若對總統當天行程可能會見那些人都不清楚，有違國安專業。台聯表示不相信王燕軍會這樣說，否則就是李辦作業疏失。