對於「置入性行銷」爭議，蔡英文曾於2011年1月響應學者反置入活動。不過，27日的蘋果日報網站一打開，卻赫然發現一條疑似由蔡英文競選總部購買的置入性行銷。對此，蔡英文受訪時表示，她不清楚這件事情，等她瞭解後，會再對外說明。
2010年底，中時電子報副總編輯黃哲斌因置入性行銷氾濫，危害新聞自由，憤而辭職，引發傳播界學者共同呼應。朝野各政黨也立刻修改預算法，禁止政府進行置入行銷。不過，審計部事後審查還是發現有許多中央、地方政府違背相關規定，照常進行置入。
同樣地，當年也呼應反對政府購買置入性行銷的蔡英文，27日卻也被發現疑似在蘋果日報網站及APP刊登所謂「廣編特輯」的置入廣告。該條廣告標題「小英推整體住宅政策與各縣市協力落實8年20萬戶社會住宅目標：政府應該讓每個人都有安定生活的居住選擇」。整個版面以新聞報導格式進行編排，談到蔡英文的談話內容時，多是以「蔡英文表示 」方式行文，極容易讓一般讀者誤以為這是蘋果日報的新聞報導。
而根據總統、副總統選舉罷免法第48條規定，候選人印發以文字、圖畫從競選之宣傳品，應親自簽名。也就是，如果蔡英文總部主張這則廣編特輯是「廣告」時，蔡總部並沒有依法在廣告裡標示她的簽名圖樣。
蔡英文上午出席生技政策記者會時，面對記者質疑違背當初承諾一事，她表示，「真的我不知道那件事情，我等一下來看一看，我再給你回答」。
對此，據《蘋果日報》引述該報社長陳裕鑫說法指出，這則廣告很明顯在第一行，可不是最後一行，最明顯的位置已揭示這是「廣編特輯」，強調它是廣告，不是新聞，「我不懂為什麼有人會說它是置入性行銷。」
陳裕鑫強調，《蘋果日報》是從不做在新聞中置入廣告內容的置入性行銷，蘋果把新聞與廣告區隔得很清楚。
