中央研究院在101年規劃設立南部分院，於103年敲定設在高鐵台南站特定區，鄰近交通大學台南校區光電學院，預計在110年興建完成。民進黨立委陳亭妃卻發現105年中央研究院的預算書中，總開發經費達34.63億元的「中央研究院南部院區」只編列8800萬元的土地購置先期費用，等於104年到105年的進度停滯不前。她質疑「中央政府難道是有意拖延南部分院計畫工程？」
經陳亭妃向中研院查詢計畫延宕原因，中研院副院長陳建仁回應指出，他們確實很盡力在爭取，如今才會有8800萬元的土地購置費用編列。行政院和國發會曾要求中研院，再研提南部院區相關計畫的修正意見，因此，在106年的預算書才會看得到預算編列成長。
陳亭妃表示，為因應南北產業發展均衡，中研院在101年規劃推動南部院區發展計畫，預計至少成立發展「前瞻技術」、「光電、綠能類」、「農業生技」與「考古學」等4個研究中心，將可於台南地區形成群聚效應，連結周邊產、學、研等單位，帶動區域產業發展。但近年來，中研院在爭取該項重大公共建設，行政院不斷以各種理由要求中研院重做規劃報告，或是再研提其相關計畫的修正意見，以致於這些年來的進度幾近停滯不前。
陳亭妃強調，她在今年4月踢爆「南部院區的先期規劃報告」拖延1年多，導致先期規劃報告遲至今年7月才出爐，行政院8月才核備。現在看到預算書，中研院又只編了8800萬，僅佔南部院區整體預算的2.5%，讓人相當傻眼。「政府的態度讓人民非常失望，如果以這種牛步化的編列方式，中研院南部院區如何能在110年完工？又怎麼能夠提升、帶動台灣南部整體高等教育、文化、研究及產業的願景？」
她除了要求中研院繼續向行政院積極爭取，也呼籲行政院正視南部的重大公共建設計畫「中央研究院南部院區」，別讓南部分院案進度「原地踏步」。
