針對「死刑犯器捐」的議題，國民黨議員應曉薇8日在台北市議會總質詢時，以此詢問市長柯文哲的意見。柯則回應，這個問題在醫界已經討論很久了，可能要有變通的解決辦法。他解釋，由於中國死刑犯器捐情形太浮濫，國際醫學會抵制，還把中國與台灣混在一起，認為中國這麼嚴重，台灣也好不到哪去。
對於應曉薇播放亞東醫院院長朱樹勳談論支持死刑犯器官捐贈的影片，柯文哲也坦承，朱樹勳是他的老師，想法也會受到老師的影響。器捐議題之所以搞到無法收拾，是因為中國死刑犯器捐情形太浮濫，國際醫學會因此抵制，連器捐醫院發表的論文都不能用。
應曉薇則認為，只要台灣死刑犯器捐的SOP能夠公開透明，能把自願、出自懺悔的死刑犯當成重症病人看待，考慮在非不得已情況下同意器捐，國際一定能接受。
但柯文哲表示，「有理說不清」，因為國際醫學會都把中國與台灣混在一起，認為中國這麼嚴重，台灣也好不到哪去。
