台北市長柯文哲18日前往台北市議會進行專案報告時，對12年國教表態認為明年入學應該「先特後免」，但是教育部當天下午即回應指依法特招考試應在免試入學後辦理，柯文哲的建議並不合法。柯文哲週二（19日）上午受訪時則呼籲中央修法，並再次拿出阿米巴原蟲的例子說，阿米巴被電到都會改個方向，總不能比阿米巴還不進化。
柯文哲週一指出，關於明年的高中入學方案，他承諾會在今年的8月1日以前確定。至於特色招生和免試入學，柯文哲表態他認為應「先特招再免試」。不過，教育部國民及學前教育署署長吳清山下午回應，依據《高級中等教育法》第38條，特招考試應在免試入學後辦理，沒有修法之前，都要依法「先免後特」，柯的建議現階段不合法，希望柯尊重教育專業，「這樣才好辦事。」
對於教育部的回應，柯文哲上午受訪時呼籲中央修法。他說，請國民黨不要忘記，12年國教是國民黨輸掉選舉一個很大很大的原因，12年國教的問題跨越藍綠；他也認為政策施行要有3原則，「民意、專業跟價值」，民意到底如何要考量進去，即使是他這麼強悍的人還是尊重民意，所以要聽聽家長意見和小朋友的想法，不是想怎樣就怎樣。
柯文哲也再次拿出「阿米巴原蟲」的例子比喻，他說阿米巴原蟲被電到都會改個方向走，「總不能比阿米巴還……還不進化」。
