台北市長當選人柯文哲日前與宜蘭縣長林聰賢會面，達成北宜直鐵應該走最短路線興建，也就是直接穿越翡翠水庫集水區的共識，引發環團批評，連台北市長郝龍斌今（8）日上午也在臉書表示反對。對此，新任行政院長毛治國表示，北宜直採最短路線所縮短的交通時間有限、工程費用卻很高，就其印象所及，約增100億，再加上翡翠水庫下方有很多斷層及地質環境等問題，最後才會決定繞道雙溪興建，並非「中央說了算」。

毛治國今天在上任首次記者會中，面對記者提問有關北宜直鐵的問題時表示，他時任交通部長，當時確實有2個評估方案，一是穿越翡翠水庫，另一個是繞道雙溪再抵達頭城，但前者能縮短的交通時間有限、工程費用卻高出很多，再加上翡翠水庫下方有很多斷層以及地質環境等問題，顧慮太大，所以，最後才會選擇避開翡翠水庫，決定以繞道雙溪的方式興建。

毛治國強調，地方建設是可以討論的，但應該從各種角度進行綜合判斷，住在不同地點的民眾，對於北宜直鐵一定會有不同的想法，因此包括民生汐止線要從哪裡延伸，這些中央過去都曾經規劃，但如果是有不同看法的地方交通建設，都可以進行討論，不是中央說了算。