遠通電收的eTag官方版App今年1月發生系統當機事故，而在1月7日也有人在網路聲稱侵入遠通網站，經檢警調查後發現，確實有3名大學生入侵遠通系統，但因3人表示並非想竊取個資，也向遠通鄭重道歉，因此遠通已於6月底和學生們和解，檢方則在日前給予不起訴處分。

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遠通的App於今年1月1日遭受攻擊，當時遠通發布聲明指出，元旦當天計程收費電腦系統之轉換作業過程，發生計程收費APP遭到每1秒鐘內超過65萬次惡意攻擊，累積於3.5小時內高達近82億次，導致系統產生緩慢狀況，雖然資料沒有外流，但遠通已向警方報案。連當時擔任行政院政務委員的科技部長張善政，都對外鄭重強調，遠通遭到的攻擊屬於第三級，屬非常嚴重。

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不過，經過調查，行政院國家資通安全辦公室主任蕭秀琴指出，遠通的eTag事件，初步判斷是學生惡作劇，而非駭客入侵。而一份民眾爆料的行政院國家資通安全會報告則透露，此事並非遭受駭客惡意DDoS攻擊行為所致，而是遠通伺服器乘載量不足。遠通1月15日也坦承，確實是App設計不良，才造成大量異常連線，而非駭客入侵導致當機。

除了元旦的App當機事件外，遠通指出，在今年1月7日時，還發生一起有人在網路上聲稱，已侵入遠通電收伺服器，掌握遠通電收內部之使用者名稱群組及擁有權限等資料的案件，經遠通電收向警方報案後，查出為三名大學生所為。

而因遠通電收總公司位於士林，士林地檢署1月也分案調查此案，由電腦犯罪專責檢察官偵辦。士林地檢署以「妨害電腦使用」為案由追查此事件後，發現有3名李姓、蔡姓、張姓的大學生涉入侵遠通App，其中1名為國立交通大學的學生，士林地檢署也於4月18日召開偵查庭。

由於3名學生皆表示，入侵系統的動機並非竊取個資；遠通電收認為，既然3名學生還在學中，也向遠通道歉，加上其行為結果未取得任何ETC使用者之個人資料，於雙方律師協助下，已與3位同學達成和解，和解契約並已於6月27日陳報士林地方法院檢察署，並同時撤回對3位同學之告訴。檢方則於8月22日給予3名學生不起訴處分。

遠通強調，3名大學生入侵遠通網站一事，與遠通App當機一事分別為不同的案件。