台灣海域保護及監測協會近半年來就台南市重要河川進行水質和底泥重金屬採樣檢測，4月中旬於三爺宮溪永寧橋下採驗底泥，發現銅、鉻、鋅及鎳已逾環保署「底泥品質指標項目」規定上限，建議立即啟動限制措施，嚴禁捕撈水產，以免流入市面，危害民眾健康。
該會執行長王幸男進一步強調，底泥為環境污染的最終承受體，如果受河水與潮汐影響沖入海域，更將危害海中生物及民眾健康，政府應更積極管理，籲請台南市政府及中央主管機關重視河川底泥重金屬污染問題，設法處理。
王幸男表示，該會自去年底開始檢測台南地區重要河川水質及底泥重金屬含量，採樣點包括二仁溪、三爺宮溪、竹溪、鹽水溪及嘉南大排匯流口、曾文溪、將軍溪、急水溪。樣點水質皆有檢出重金屬，但除嘉南大排之總鉻接近「海域環境分類及海洋環境品質標準」之上限值外，其餘水中重金屬皆無超標，推測是因受到河水稀釋的關係。
不過，王幸男說，重金屬會沉積於底泥，因此樣點底泥皆檢出銅、鎳、六價鉻、鋅、鉛及砷，且三爺宮溪及竹溪底泥檢測出汞與鎘。4月14日於三爺宮溪永寧橋下採驗的底泥化驗結果顯示，含銅濃度1200毫克/公斤，比上限值（157）超標約7.6倍，鉻鎳和鋅的含量也都超過上限值，分別是鉻1.5倍、鎳1.8倍、鋅2.4倍。
王幸男指出，底泥具污染複雜性與長期累積性、易透過生態系及食物鏈傳布，可能隨著取用灌溉水源而影響農作物，或者被水中生物攝取造成水產生物體內污染物的累積，進而經由食物鏈危害人體健康。因此環保署於2012年1月4日訂定「底泥品質指標之分類管理及用途限制辦法」，針對底泥訂定品質指標項目及其上、下限值。
王幸男強調，此次二仁溪、三爺宮溪、嘉南大排及竹溪等檢測值超過下限值者，依規定應增加檢測頻率。三爺宮溪超過上限值則應通知農業、衛生主管機關依權責檢測生物體及已上市水產品內污染物質，儘速執行管理及嚴禁捕撈等限制措施。目前台南市政府僅公告二仁溪二層行橋至出海口水域禁止使用網具採捕魚類，但無取締措施也無禁止垂釣，形同具文。
王幸男也提出整治建議，他認為三爺宮溪為二仁溪最大污染源，應於三爺宮溪匯入二仁溪前設置截流站與汙水處理廠，並嚴禁捕釣河中生物，以免流入市面。竹溪汙水應於中華西路安工二號橋做汙水攔水堰，並將汙水截流至健康路汙水處理廠，竹溪汙水流入安平商港、安平漁港、運河與外海養殖區，應列為第一優先整治。至於嘉南大排應於中上游工業區等河段截流，並做汙水處理；鹽水溪應於永康工廠密集之河段做截流及灘地淨水處理。
王幸男說，此次採樣方式，水質部分是採用英國檢測儀器Trace2O_HM2000攜帶式重金屬測量儀器作為河川重金屬8大項目（銅、汞、鎳、六價鉻、鋅、鎘、鉛及砷）採樣檢測快篩之用，如初步檢測結果顯示重金屬超過法規限制值，即送環保署認可及具SGS認證之南臺灣環境科技公司複驗，以求數據之確實性及有效性。底泥部分則委託南臺灣環境科技公司執行採樣及分析。
