全國教師工會總聯合會、反教育商品化聯盟等團體今（7）天召開記者會，要求教育領域應從「自由經濟示範區特別條例」全面退出，避免加速大學「學店化」，台灣高教工會更痛批教育部聲稱的「去管制」，反而會讓高學分班級取代現有教育體制，是台灣高教的「特洛伊木馬」；教育部長蔣偉寧則認為，教育加入自經區是為了不讓台灣落後國際。
全國教師工會總聯合會副理事長吳忠泰指出，教育部去年公佈培育人才白皮書，說要擬定「促進人才培育條例」，但都還沒擬好就把部分內容跟自經區連在一起，變成買辦化的教育，違反當初厚植台灣人才的初衷，是自尋死路；他主張，教育應該從自經區示範條例裡全面撤除，讓自經區回到經濟為主，「不要為了想像中的利潤，而放掉公共利益。」
高教工會組織部主任林柏儀表示，教育部不斷宣稱，去除管制才能帶來國際教育交流，但去除學費的管制、去除對老師勞動保障的管制、去除校園民主的管制，去除這些管制沒有意義，只會讓各大學更加「學店化」，繼續以國際化名義任意剝削師生。
林柏儀說，教育部建議自經區學費應比照外國學費，是因為過去很多學生本來就會到海外留學，所以，這樣的收費很正常，也不會造成國內教育階層化。他批評，這根本是昧於事實的說法，生產知識的學術社群文化是無法透過設立分校，就簡單輸出到海外，最後的結果只是多了很多來台販賣名聲的國際大學而已。
而教育部聲稱自經區只是試辦，不會影響現有大學，林柏儀反駁，台灣已經有50多所大學已經被劃入可以設立自經區，這些學校怎麼可能會把自己原本的資源投資在自經區的高學分專班上？而且，自經區的去管制化班級、高學分專班和原本體制內受管制的班級是處於不公平的競爭狀態，久而久之，體制內的班級就會被取代，林柏儀批評，這根本就是台灣高教去管制化的「特洛伊木馬」。
對此，蔣偉寧認為，教育創新納入自經區，目的是希望透過國際知名學校與國內大學合作，讓台灣在推動教育拔尖與追求卓越有更好的成效；據OECD（經濟合作暨發展組織）調查，全球每年有500萬名留學生，當各國都在積極爭取這些人才時，台灣絕對不能落後。
