行政院推動「核四停建」公投後，讓公審會陷入尷尬。因為公審會過去曾以台聯主席黃昆輝的立場是反對ECFA，怎麼可以推動是否同意政府簽署ECFA公投案而駁回此案。黃昆輝今（25）日出席ECFA公投行政訴訟案前，再批政院玩法弄法，在ECFA上限制人民公投權利，但在核四停建公投上，卻又玩弄公投法，意圖扭曲人民意志。
2010年6月3日，行政院公審會審議提案人黃昆輝提出的「你是否同意政府與中國簽訂『兩岸經濟合作架構協議』(簡稱ECFA)?」全國性公民投票案時，以12比4票駁回此提案。公審會駁回的理由包括，這一提案理由是將政府是否有權簽署 ECFA作程序性公投，但公投主文卻是就ECFA的簽署內容要求公民作實質性公投，主文與理由相互矛盾，依公民投票法第14條第1項第4款的規定，應予駁回。
其次，公審會認為，人民提起的公投提案，應持改變現狀之立場，始符公民投票法的制度設計。該公投案提案人是持反對立場，卻以正面表述的命題，交付公民為行使同意或不同意之投票，致使即便投票通過，也絲毫不能改變現狀，權責機關無須有改變現狀的任何作為，故該公投提案，非屬公民投票法第2條第2項第3款所定「重大政策之複決」。
對此，黃昆輝提出行政訴訟，並經最高行政法院判決勝訴。但公審會卻還是不顧法院判決，繼續駁回黃昆輝提出的公投案。因此，黃昆輝再向行政法院提起訴訟，除盼法院要求中選會必須直接受理該公投案外，也要行政院出面陳述辯護。
對此，今日代表被告中選會出庭的法政處長賴錦珖還是堅持，公審會認定的黃昆輝提案主文與理由書相互矛盾、無法公投；而ECFA牽涉到租稅事項，根據公投法也不得列為公投項目。同時，他認為，ECFA已於2010年6月29日簽署、並經總統公告生效，對於黃昆輝所提之主張「是否同意政府簽署」，已無法律保護之利益。
但黃昆輝委託律師高涌誠則指出，倘若該公投案經人民公投，有半數人民投票，並否決政府有權簽署ECFA時，政府即需根據ECFA第16條規定，終止該協議。
黃昆輝也於行政法院開庭前批評，核四公投就像照妖鏡一樣，在行政院透過國民黨立委提出「停止核四興建與運轉」公投後，卻不准人民提出的ECFA公投案，根本就是只准州官放火，不許百姓點燈。
黃昆輝說，執政黨的核四立場明明就是要續建，但提出的主文卻是停建核四，這些都是過去公審會駁回ECFA的理由，現在卻昨非今是，自打嘴巴。他倒是很想問問，行政院公審會對於核四公投主文又有什麼看法？
去年6月14日，最高行政法院判決指出，公投法是在協助人民正當行使人民創制、複決權，而非限制人民該公投事項之行使。如果該重大政策之複決，經人民投票通過，政府都需分別依「同意」或「反對」做必要之處置。也就是，不論「正面表述」或「負面表述」，僅屬提案內容設計之問題，不得以「未持改變現狀之立場」為理由，駁回公投提案。也就是，只要有效票超過1/2公民門檻，都視為公投法裡具有拘束力的「通過」範圍。
