監察院通過對法務部矯正署、台北監獄、雲林監獄糾正案指出，台北監獄違反分界監禁的規定，將輕罪的邱姓受刑人與無期徒刑受刑人關於同一房，任其調動床位，致遭多次性侵。又違反規定將受害人移往雲林監獄，使其家人探視不易；且雲林監獄違法對邱姓受刑人施用戒具並收容於鎮靜室，約長達3星期，嚴重侵害邱性受刑人的人權。

監察院調查指出，邱姓受刑人因妨礙性自主罪入監，因初犯僅判1年10個月；但台北監獄卻違反監獄內分界監禁的規定，將其與數犯重罪應執行無期徒刑的張姓受刑人分配於同房舍，且未制止張姓受刑人任意將邱姓受刑人床位調睡於其床位旁，致邱姓受刑人在房舍內遭受張姓受刑人多次性侵害。

監察院指出，在該性侵案被桃園地檢署偵辦後，台北監獄卻違反規定於2010年11月24日將受害人移往雲林監獄，讓居住北部的邱姓受刑人家人探視不易，嚴重影響邱姓受刑人的情緒。

等邱姓受刑人移往雲林監獄後，監院調查指出，邱姓受刑人於2011年3月30日在遠距接見室與母親進行遠距接見時，因私自夾帶紙條拒絕受檢，且經口頭警告仍不服管教進而推擠管教人員，因而被施用戒具腳鐐。隨後並經舍房主管對該員每日施用戒具，直到2011年4月19日，長達3個星期。

監院認為，雲林監獄並未提出任何證據顯示邱姓受刑人有脫逃、自殺、暴行或其他擾亂秩序行為之虞情形，即對邱姓受刑人施用戒具並收容於鎮靜室，已違反監獄行刑法第22條規定。再者，對邱性受刑人施用手梏及腳鐐二種以上之戒具，應經監獄長官的特准，但雲林監獄約詢時指出，當時並未有經過監獄長官特准的程序，顯有違規定。而施用戒具或繼續施用戒具滿1星期者，如認為仍有繼續施用的必要者，應列舉事實報請監獄長官核准繼續使用，但獄方卻無視於規定，嚴重侵害邱性受刑人的人權。

監院調查指出，法務部矯正署所屬各監獄受刑人在監內遭受性侵害的案件，2010年1月1日至2012年11月30日止近3年內，計共達26件，其中台北監獄占半數13件之多，尤為嚴重，顯見性侵害事件的相關防範具體措施，亟待各矯正機關落實有效執行。