對於最近檢調以貪污罪起訴涉及研究經費核銷問題的學者，民進黨前主席蔡英文今（9）日在臉書指出，在相關法令制度完備與合理化之前，對未諳法令的學者以貪污罪起訴，將重創學術自由與研究環境，司法單位應極為審慎，避免濫權追訴。畢竟，對於大學教授而言，便宜行事或僅因惡小而為之，固不足取；但對於檢方及法院而言，也應切記「酷吏之為惡，可能更甚於貪官」。
蔡英文表示，這次檢方之所以依貪污罪起訴公立大學教授，主要是依據最高法院2011年度台上字第459號刑事判決見解，認為公立大學教授屬於承辦或兼辦採購之人員，並係以公款從事採購行為，屬於從事公共事務而具有法定職務權限，因此具有授權公務員身分，而有貪污治罪條例的適用。
但是，蔡英文認為，公立大學教授並非公務員，而學術研究活動也不是公權力行為，最高法院的這項見解，十分不妥，包括甘添貴教授等國內許多知名的刑法學者也發表聯合聲明，指出其錯誤之處。
蔡英文表示，前天她就呼籲要給予學者足夠的自由度，以激發其研究能量。尤其現行研究經費支用和會計稽核制度，不僅無法反應學術研究上的實務需求，僵化的規定更讓經費常常捉襟見肘的學者們莫衷一是、動輒得咎。回顧過去數年，連政治經驗豐富的政府首長、公職人員都曾因為會計帳務處理瑕疵捲入無端訟累，紛擾不休，甚至引發藍綠對立，灼傷司法公信。
蔡英文說，對於違法者，國家當然要追究其應有的法律責任。但是對於執法者，國家也應要求其慎行明辨。特別是刑事責任的追究，不論結果如何，光是其漫長而不可預期的程序本身，往往就足以令致力研究者灰心喪志，或使升斗小民因此身敗名裂。
她說，這次事件從媒體報導偵查開始，至今已近1年，各地檢方對於偵查對象之選擇、範圍之認定、進度之控制及其資訊之揭露等，也多有令人疑慮之處。如果檢方執意在制度不完備、法理認定有疑義的情況下，大規模的以貪污重罪起訴學者，恐怕還收不到廉政的效果，卻因為寒蟬效應而傷害了學術自由和研究環境。
蔡英文說，為了避免錯枉發生，重創我國學術發展，司法機關應該參考刑法學界意見，重新認定相關事務的法律性質，而政府也應從速採酌先進國家政府會計「公教分軌」原則，對現行制度進行全面改革。在相關法令制度完備與合理化之前，司法單位應該以維護大學自主和學術自由為核心關懷，對於這類案件的認定應該更加審慎，避免濫權追訴。
