針對總統辯論，馬英九逼問蔡英文要不要特赦陳水扁問題，人在獄中的陳前總統表示，他要的是「重新審判，還我清白」。他還提到，對於馬英九的特別費、宋楚瑜的興票案，他擔任總統時都曾想過特赦他們，因為冤冤相報，對國家團結不利。
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前總統陳水扁今（20）日透過扁辦發表10日於獄中完成的「你不知道的真相(35)：如果我跟馬英九辯論」一文。他除了提及90年代曾與當時研考會主委馬英九在台大校園辯論《總統直選V.S.委任直選》外，也表示，12月3日第一次總統電視辯論時他全程收看，「假如站在馬英九旁邊的是陳水扁，不是蔡英文」，他會針對馬英九的很多講法提出不同的看法。
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對於馬英九逼問是否特赦陳水扁問題，陳前總統文中表示，扁案的本質是政治的。他被下令收押迄今，每次選舉都用得到「扁維拉」，原來4年後的總統選舉還要當提款機，再消費一次。
他反擊說，「蔡主席當選是否要特赦陳水扁」這句大哉問，很快就會改成「蔡總統是否要特赦馬英九？」
陳水扁表示，「在我總統任內，我曾想過特赦宋楚瑜與馬英九的問題。畢竟政治上冤冤相報的後果，國家一定分裂」。
他說，「特赦有兩種，一是有罪放人，一是無罪釋放。我要的是『重新審判，還我清白』！
