針對建國百年基金會接受政府鉅額經費補助，卻規避相關監督機制，新台灣國策智庫今（29）日召開記者會，以「馬英九的另一個競選團隊」痛批，這就像台北市長郝龍斌把花博當作他的選舉造勢活動一樣，只是馬團隊的競選造勢活動。此外，百年慶典活動沒能在國際社會上彰顯「中華民國」存在，只作為內銷之用，「政府熱、民間冷」，也無法凝聚台灣意識。
「財團法人中華民國建國一百年基金會」到底接受多少政府補助，外界並不清楚。雖然外界曾指出，光是政府直接補助的經費就高達32億元，但文建會卻說，他們僅捐贈20億元，其餘費用是「各機關原有規劃」，恰巧在民國100年辦理，和建國百年是共同行銷宣傳罷了。
不過，更受爭議的是，即便絕大多數的經費來自政府或公營機構補助、贊助，卻不受預算法、政府採購法之規範。對此，新台灣國策智庫執行長羅致政表示，如同聽障奧運、花博基金會一樣，馬政府很喜歡在政府體制外成立個基金會，藉以迴避政府的監督。
羅致政指出，建國百年基金會是由民間單位，如廣達公司以及政府的公營機構，如台糖、台電、中油等單位捐贈3千萬元成立的。但光今年4月總統府就補助4千7百萬元。也就是補助的金額遠遠超過基金會成立的規模。他說，現在知道的30多億，只是能掌握到的，但暗藏在其他部門還有多少，外界卻無從得知。
他們要求政府及基金會必須公布相關帳目，到底哪些是造勢活動，哪些跟紀念中華民國、台灣歷史有關，而所佔的比例又是多少？
台北市議員簡余晏也批評說，現在看到的許多活動都掛了「百年活動」。這個情形就跟花博一樣，結合了郝龍斌的競選，百年活動已經成為馬英九的競選造勢活動了。
簡余晏進一步指出，像明年選舉前15天辦的「轉動台灣」活動，根本就是抄襲2004年「228牽手護台灣」的模式。除了基金會的費用外，還動用警政署、海巡署等經費。她要求這項活動不僅要邀請蔡英文、蘇嘉全等人，也要邀請宋楚瑜、林瑞雄與會。
此外，百年基金會活動到底有沒有彰顯「中華民國的存在」，與會者也提出質疑。羅致政表示，中國也在紀念「辛亥革命一百年」，但卻不談「中華民國」，因為對他們而言，「中華民國」已經不見了，所以沒有「一中各表」的問題。如果要彰顯中華民國還存在，國民黨就該要到國際社會上舉辦相關活動才對，但國民黨卻只敢在台灣內部辦，也就是這是一個「內銷的活動」。
不止活動只是內銷，東吳大學政治系教授徐永明也批評，相關活動也沒有藍綠都可以參與的共同價值。如百年國慶慶典都要展開了，才要求在野黨來參加，變成了「政治角力」罷了。
親民黨前立委劉文雄也說，全世界都在辦建國百年或辛亥革命活動，如果台灣辦的活動，不能藉此創造台灣意識，沒有不可或缺的元素，「那一定會被中國大陸給吃掉的」。
