2004年10月，台灣惠普發出新聞稿否認曾介入兩岸政治事務。不過，根據最新的「維基揭密」AIT電文顯示，時任董事長的何薇玲告訴AIT官員，惠普先前曾私下（向府方）要求包機直航。她也向經濟部官員表示，如果曝光，他們將會否認。因為，惠普擔心如果跟陳水扁以及他的兩岸議題太過接近，將導致惠普在中國經商困難。

2004年10月15日，總統陳水扁在總統府接見惠普公司總裁暨執行長費歐芮娜（Carleton S. Fiorina）與惠普台灣公司董事長何薇玲。對這家對台採購量最多的外商總裁，陳水扁感謝費歐芮娜2003年年初時對於兩岸貨運便捷措施的建言。他還說，這是兩岸共同課題，也是國際共同利益，希望訪賓也能持續向北京當局反映，並爭取美方的支持。

豈料，當天下午，惠普台灣公司立刻發布新聞稿反駁府方，並強調「有關陳總統所提的議題，惠普公司認為企業以營運為目的，商業人士以經商為本，而政治方面的議題應由政治人物來處理解決，惠普公司為私人營利機構，不參與政治議題的討論或處理」。

隨後，總統府則反駁說，2003年年初何薇玲曾向陳水扁表示，希望政府能推動兩岸貨運便捷化等。

對於這段衝突，當時AIT處長包道格（Douglas H. Paal）在04年10月27日發回給國務院的機密電報（文件編號04TAIPEI3343）曾就雙方說訪進行訪談。

其中，何薇玲指控，惠普遭到陳水扁的「突襲」（ambush），並公開要求費歐芮娜能就兩岸包機事宜向北京遊說。惠普認為，這項會務僅是禮貌性的拜會，也應該沒有媒體在場。

何薇玲告訴AIT說，她已經確認好幾次，會晤時，沒有媒體在場。豈料，當陳水扁說完話後，媒體就離場，以致於費歐芮娜沒有機會就陳水扁的談話公開回應。

不過，何薇玲也承認，惠普先前曾私下（向府方）要求包機直航，但從未公開表示過。（Ho stated that although HP had previously called privately for direct charter flights, they have never done so publicly.）先前她對經濟部官員表示，如果曝光，他們會否認曾提議過此案。惠普擔心如果跟陳水扁以及他的兩岸議題太過接近，將導致惠普在中國經商困難。惠普現在對於中國在兩岸議題的態度相當敏感，尤其是當中國對於陳水扁10月10日國慶談話的反應是如此的冷淡。惠普做為台灣最大外商購買者，對於陳水扁如此對待他們，感到相當沮喪。

不過，包道格訪問總統府幕僚劉世忠，「給了一個非常不一樣的版本」。劉世忠表示，是惠普要求見面，而總統府也沒有任何「突襲」的企圖。「坦白說，我們把這個視同總統日常接見的行程」。劉世忠說，何薇玲的反應太過敏感。劉世忠確認2003年何薇玲曾想要用她與「北京的接觸」協助兩岸直航。當時，陳只是幽默地回應「歡迎何的努力」。但何想說服陳「她是經過總裁（費歐芮娜）授權的」。

劉世忠認為，何薇玲是看到最近中國對於支持民進黨生意人的歧視態度後，擔心陳水扁對他們的談話會提醒北京，她過去的努力被當作「自我任命的陳水扁密使」（a self-appointed "secret envoy" for the Chen administration.）

同樣的，時任陸委會副主委邱太三也說，陳水扁的談話只是重述這3個星期以來，他跟台商的談話罷了。

不過，何薇玲還是告訴AIT官員，惠普將會重新檢驗他們在台灣的生意以及與陳水扁總統的關係。

同時，AIT也訪問美國台灣商會執行長。美台商會認為，這件事情造成廣泛影響。讓在台灣的跨國公司要跟陳水扁總統或其他高階官員會晤前，會再想一想。

對於這段往事，劉世忠接受新頭殼訪問時指出，當時總統府與惠普聯繫時，有沒有提到不想要有媒體在場，他已經不記得了。也許是雙方聯繫間有了誤會。不過，陳水扁日常接見行程，要不要公開？除了會尊重訪賓的意見外，總統府也會有自己的考量。

陳水扁總統是在2003年5月1日召開「因應SARS疫情國安高層會議」時指出，「為確保台灣在亞太地區競爭的優勢，政府有必要針對兩岸貨運便捷的推動時程，嚴肅加以評估，儘早完成規劃」。據了解，何薇玲則是於當年年初就兩岸貨運包機直航議題求見陳水扁。