台北市政府今(12)日決定北北基聯測「高分低就」的學生進行改分發，教育部表示，這是地方事務，中央表示尊重。教育部長吳清基則進一步表示「全力支持」。他認為，重新分發不會影響到參加二次基測同學的權益，至於要不要續辦北北基聯測，相信北市府會進行溝通，做最好的決定。

吳清基表示，北市府提出的補救措施是讓有高分低就感覺的考生提出申請2個志願的選擇，原本的分發機會可以保留，一切以不影響學生權益，但讓學生有更好選擇為前提，所以，教育部給予全力支持。

對於部分家長擔心重新分發是否會排擠到二次基測學生的權益？吳清基表示，重新分發名額是空缺回流，不會有影響，「二次基測今年還是依照過去保留10%的名額，所以是在不影響二次基測的前提下，就空缺回流做考量。」至於家長團體及全教會都反對續辦北北基聯測，吳清基則表示，北市府會考量民意，教育部也會做溝通。