2008年馬英九就任總統以來，很少批評中國，但今天卻罕見地因世衛將台灣列為中國一省「向中共表達抗議」。對此，民進黨回應指出，這是因為馬英九高估了中共的善意；中共打壓台灣的國際空間，也沒有因為馬英九推動外交休兵而有所手軟。
總統馬英九上午在總統府接見第17屆世界台灣商會聯合總會時，針對世衛密件爭議，批評世界衛生組織作法「表裡不一」，訓令外交部向WHO表達嚴正抗議，同時也要向中共表達抗議。
馬英九指出，最近發現世界衛生組織（WHO）給台灣的邀請函，稱台灣的衛生署是稱「部長」，稱台灣為「中華台北」，台灣是觀察員的身分；「可是它對內部的文件裡面，把我們稱為『中國台灣省』，這點我們高度的不滿」，他已訓令外交部向世界衛生組織表達嚴正的抗議。
馬英九說，「你不能在內部的密件公文裡面，用這個矮化我們的名稱，在公開卻是用『中華台北』，這樣子表裡不一，是非常不當的，在這方面，我們也要向中共表示抗議」；他在就職演說裡面，已經講的很清楚，如果台灣在國際社會再被打壓，兩岸關係就很難發展。
對於馬英九的談話，民進黨發言人鄭文燦表示，世衛密函的關鍵在於馬英九高估的中共對台的善意，以及接受了中國「一個中國原則」的架構。而馬英九就任總統以來，中國打壓台灣的國際空間的作法，卻沒有因為台灣推動外交休兵而手軟。從世衛密函矮化台灣地位來看，鄭文燦說，可以看得出馬英九的外交政策與兩岸政策都證明失敗了。
