兩岸於今（21）日下午完成「醫藥衛生合作協議」之簽署，民進黨認為，協議文本內容過於模糊、檢驗標準未納進國際公約、亦缺乏制度化的損害賠償機制、而中國中藥材源頭管理機制也缺乏公信力；民進黨主張，該協議「工作小組」往後之決議，應將協議送交立院審議。

民進黨認為，兩岸醫藥衛生合作協議應該依循國際標準，但是在文本當中只是模糊帶過，且未清楚說明在何種標準下，可採用對方執行的結果，甚至在工作組中也僅授權由「工作小組」自行決定。

民進黨表示，對於台灣民眾的健康事項不適合空白授權，兩岸醫藥協議應由立法院審議後始可生效；此外，有關工作組之規劃如同經合會模式，完全是空白授權，迴避國會監督，因此，民進黨主張，「工作小組所為之決議、共識，也應一併送交立法院審議」。

民進黨指出，兩岸醫藥水準有所落差，兩岸檢驗標準也不一致，台灣過去所遵循的是美國FDA的國際標準，若兩岸貿然採取醫藥或醫療器材相互認證的做法，卻未明確依循國際標準，不僅降低台灣醫藥水準，也會影響台灣民眾健康。

至於對協議中所提出的兩岸臨床試驗合作的方向，民進黨認為，並沒有把國際公約納進來，且中國非法人體試驗非常猖獗，對人權也沒有落實保障，若臨床合作試驗的規範不明確，對台灣的國際形象也有所損傷；因此，民進黨主張，「臨床合作試驗必須符合國際人權公約的標準，以及國際醫療程序」。

民進黨表示，兩岸醫藥衛生合作協議「缺乏制度化的損害賠償機制」，僅能督促應負責廠商妥善處理糾紛，而沒有任何強制力；根據過去兩岸食品安全協議的經驗，三聚氰胺的受害廠商至今也未獲賠償；據此，民進黨認為，若醫藥合作協議的賠償機制沒有明確規範，這樣的機制也形同具文。

對於中國「中藥材源頭管理機制」，民進黨認為，中國缺乏有效的公信力，而民進黨民調顯示87.6％的民眾對此缺乏信心。民進黨呼籲，馬政府應「強化台灣檢驗的主導權」，建立嚴格的檢驗機制，以維護國人健康。