經濟部自2006年徵收水源保育費以來，估計已為政府帶來30億元的收入。不過台灣電磁輻射協會理事長陳椒華卻質疑，真正執行水源保育工作的比例不到2％，反而變本加厲利用在水源區的道路及工程等不當水資源開發。

陳椒華表示，台南環境聯盟曾調查經濟部水利署的水源保育費運用狀況，卻驚訝發現除了許多費用與水源保育不合，列舉的保育費用項目太多運用在道路工程上，且超過總經費的50％。更多欄目顯示的是不明的帳款支出。

陳椒華舉例07年新店溪青潭原300萬元的整修維護工程，被不當挪作光雕藝術節的工程支出、1000萬元辦理寺廟祭祀、慶典等民俗活動；高雄市20萬元的保育費購買電腦相關設施。她懷疑水源保育費被不當利用，民眾還要繳交這筆錢嗎？

屏東環境聯盟理事長洪輝祥則指出，不當的水資源開發，反而會造成地層下陷、水質劣化與生態環境破壞。他表示，各鄉鎮產業道路、林務局的林道和台電維修道路，是支解台灣主要集水區的主因。

當產業道路蜿蜒整個山坡時，洪輝祥說，這些路徑在雨季時會自然地成為集水廊道，若是雨水經過的是不透水層，因不透水層又無法吸納抓附降雨補充地下水，雨量大時直接傾瀉而下，便會沖刷坡面，帶來土石泥流。

他指出，政府雖用水庫集水，但中央山脈、林區都面對了上述三大道路的威脅，不論未來水庫多麼頻繁地清除淤泥，只要水源區不停止道路工程開發，水庫只有加速減壽的命運。

不只上游集水區的問題，洪輝祥說河川下游更面臨了民眾與水爭地的沈痾。他表示，高屏溪聚集了旗山溪、美濃溪與隘寮溪等水量，並在下游沖刷出一塊高攤地，雨水來到此可過濾中上游的濁水，補充地下水面，但是政府卻將這塊高攤地便宜地出租出去，縮小河道，使得現有水道遇到旗山溪宣洩不及，定會淹回美濃地區。

陳椒華呼籲政府徵收水源保育費應落實在水源保育上，並放棄以水源開發為導向的水資源政策，且全面檢討水資源開發所造成的環境債是否大於經濟效益。(http://newtalk.tw/)