國家安全會議秘書長蘇起今天在立院答覆質詢時表示，要美國同意重啟美國牛肉談判可能性非常小，他並就政府放寬美國牛肉決策，因與各界溝通不足，引起莫大恐慌表示歉意。
蘇起表示美方同時要考量韓國因素，因為台灣在放寬美國牛肉進口的標準是與韓國相近的，如果我方調整，美方勢必將與韓國重啟談判，因此對於開放牛肉進口的決策，變動性不高。
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他更指出，放寬美牛進口是「內外兼顧」，過去台灣與美國的關係上，相當多問題尚未處理，包括引渡、投資保障等。所以政府決議務實處理牛肉問題，企圖在在政治上、安全上與美國達到一個平衡，如果立法院修法結果違反議定書，會有嚴重後果，他認為會傷害台灣國際信譽與台美關係，希望立委慎重。
同時民進黨籍立委管碧玲提出世界貿易組織爭端處理機制作為回覆，認為立法院修法符合世貿組織程序，修完法可立刻上談判桌，雙邊斡旋不成再提告。國民黨籍立委謝國樑認為，國安會應提修法建議給立院參考，切勿無事惹塵埃，讓美牛變成貿易報復或制裁的藉口，模糊焦點。
雖然學界有不同見解，蘇起仍認為議定書效力大於國內法，如果有必要的話，可請大法官解釋。他也認為議定書屬於廣義的條約，政府基本態度是送立法院查照，如果立法院決定要做什麼處理，他也尊重。
針對修法，總統府表示，尊重立院職權，但以不違反世界貿易組織、世界動物衛生組織及台美議定書為前提。因此事牽涉台灣加入國際社會，我方必須考量國際社會標準、組織要求的自由貿易精神，如我對特定國家或特定產品設限，台灣勢必面對更多貿易障礙，無利於貿易發展。
