前行政院副院長邱義仁及前國防部長蔡明憲，2014年被台灣最高檢察署以觸犯國家機密保護法起訴，31日高等法院宣判2人無罪，邱義仁及蔡明憲皆未出庭聆聽判決，全案仍可上訴。

高檢署特偵組偵辦扁案時，為追查遺失的公文而前往邱義仁住家，並在其住家查扣諸多文件，其中一件就是涉及軍方機密的文件。

高檢署隨即在2014年8月以國家機密保護法，起訴邱、蔡兩人，指控2008年邱義仁卸任後，涉嫌將時任國防部長蔡明憲，交予的軍事機密文件帶回家。調查時，邱、蔡2人皆認為，此文件不涉及機密。

經過1年的審理，高等法院宣判2人無罪，全案審查皆不公開。