國道計程收費上路以來問題不斷，引發民眾質疑交通部高速公路局監督不周，有放水之嫌。根據《壹週刊》引用一份eTag原廠的正式驗證報告指出，高公局及遠通的eTag驗證十分草率，不但是在車輛靜止下做測試，誇張的是，即使車輛沒動，部分測試還是照樣出錯。對此，遠通電收今(22)日澄清，這項測試只是測eTag產品的通信誤差率，只是招商文件前後端系統功能需求中的一項，其他還是有動態測試的部分。遠通還回批，希望媒體不要一再報導錯誤訊息，否則將浪費社會資源。
最新一期的《壹週刊》報導指出，一份正式的報告內容顯示，遠通僅在車輛靜止的情況下做測試，與合約上要求承包商需在不同車速時測試感應的成功率大不相同；而在抽查感應門架時，全台319個門架，竟然只抽驗了30個就算完全過關、達成率99.63%，顯示高公局在檢驗時放水包庇。
針對媒體的指控，遠通電收澄清，報導內提到的測驗方式的目的是測試eTag產品的通信誤差率，通信誤差率只是招商文件前後端系統功能需求約60個項目中的一項，一般執行此項目多以實驗室方式執行，因此，台灣德國萊因公司(TÜV)也以此方式檢視測試文件的有效性。遠通強調，台灣德國萊因公司(TÜV)為遠通電收委託的第三方公正單位，是國際知名的權威認證公司。
至於遭質疑未做動態測試，遠通說明，公司的自主查核驗證測試包含動態及靜態等項目，目的是為了模擬用路人在高速公路上的各種情境，並非報導所指皆為靜態測試。遠通指出，進入計程前，台灣德國萊因公司共進行了3次自主性查核驗證測試(IV&V)，依各種情境，包括變換車道、高速跑車、近距離跟車等，各種車種包括小型車、大型車、聯結車等收費車種進行動態跑車實測，測試次數累計超過4萬5千筆、動員車輛數累計超過200輛。
除了澄清報導內容，遠通還要求媒體秉持平衡報導的原則，勿重複報導錯誤訊息，以免損及媒體公正專業的聲譽、製造社會不安及浪費社會資源。
另外，高公局也表示，為確保eTag能達到契約規定的之精度與功能，eTag計次系統仍依ETC契約規定辦理自主查核驗證(IV&V)與官方查核驗證(V&V)的2道查核驗證程序，並在所有查核驗證都通過後，系統才能上線營運。高公局強調，計程精確度非全百分之百，但達合約標準。
高公局說，遠通電收自主查核驗證在2013年9月至11月進行，結果通行量正確率與可收費成功率100%。另外，高公局在2013年11月至12月，再進行可收費成功率查核驗證，結果通行量正確率100%，可收費成功率99.936%，結果都符合約規範標準。
高公局指出，無論是在哪一國，電子收費精確度都無法做到百分之百，加上台灣計程電子收費系統路網規模將近1000公里，每日交易數量在1200萬至1500萬筆，為全世界最大規模的電子收費系統，高公局將持續監督遠通電收公司儘速改善計程收費系統上線後的各項缺失，並將服務做到最好。
