特別費解套，會計法修法引發爭議，相關人士指出，確實是跟柯文哲醫師被偵辦有關。5月17日，台聯黨團總召林世嘉為了柯文哲案去找立法院長王金平，希望能讓學者國科會補助案解套；但王則回了一句，「這必須跟阿標一起處理」；到了28日朝野協商，王還跟府院5人小組確認文字後，才敲定在31日當晚院會處理。
5月10日，台大醫院重創部主任柯文哲遭調查局約談。與柯私交甚篤的台聯總召林世嘉，隔2天後到他辦公室慰問。哪知，在約談後，台大醫院會計室竟又剛被搜索，檢調想辦柯態度顯然相當堅決。
因此，林世嘉決定幫柯文哲等教授的國科費假發票案解套。由於民進黨立委李應元早就提出學者版的會計法修正案，她於17日上午找王金平協商，是否能讓李應元版通過。期間，還動用與王關係良好的中研院重量級人士疏通。豈料，王要求學者一定得跟顏清標一起解套。
到了28日星期二，朝野協商同意，把兩案綁在一起解套。會中還有人提醒這個修正文字，一定要行政院看過後才可行。相關人士指出，王金平還打電話給府院5人小組成員確認總統馬英九、行政院長江宜樺都同意。
當天上午11時47分，行政院回傳王金平辦公室確認同意條文，並強調「意圖為自己或第三人所有非關研究所有之財物，而報支政府機關補助之研究計畫者」，不得除罪。
豈料，這個政院版文字在提到「各大專院校職員」時，竟把原先討論的李應元版本的「教」（授）一字給漏掉了。當場10個人，居然無人看到。相關人士指出，過去法案只要有增加、減少，一定會在改變的文字底部劃上「底線」。但行政院漏掉了「教」字，也沒加上底線。反而是排除公款私用部分，都劃上底線。也因此，看院版法條時，都漏看了。
當時，朝野協商還敲定，31日晚間，院會由國民黨提修正動議。至於細部的議事運作則由院長王金平處理，一夥人也不要對外透露。也因此，政院的漏字版修正案，當晚就由議事人員在唸過了相關的修正案後，院長王金平敲槌通過。直到一天過後，才被外界發現居然漏掉了「教」（授）一事，引發大烏龍反彈。
