根據目前公開的資訊，國民黨立委翁曉玲提出的修法草案，主張將 「相當三級之獨立機關」 的正、副首長，納入需要經立法院同意後任命的範圍。她舉出的例子包含：1、國家運輸安全調查委員會（簡稱運安會），2、核能安全委員會（簡稱核安會）， 3、不當黨產處理委員會（簡稱黨產會）。不過，她並未在公開報導中明確列出所有被歸為「三級機關」的機關名稱。也就是說，目前只知道上述典型例子，但並無完整清單。翁曉玲的這個法案由於尚未完全清楚，於此可分幾個部分加以評論：

首先是美國的NTSB（National Transportation Safety Board）是國會獨立授權的獨立機關，並不屬於任何部會，有五位董事，由總統提名，經參議院任命。如果這些委員會很重要的話，是應該改成獨立機關的。只在三級機關的地位之上行使同意權會產生許多問題。

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其實，行政機關有二個基本的原理，那就是層級節制與指揮監督。所謂層節制就是上級機關要管理、節制下級機關，換句話說，一級機關節制二級機關，二級機關節制三級機關，三級機關節制四級機關，這就是所謂的科層組織。在層級節制的體系之下，上級機關對下級機關有指揮監督權。換句話說，一級機關對二級機關有指揮監督權，二級機關對三級機關有指揮監督權，三級機關對四級機關有指揮監督權。如果依照翁曉玲的版本的話，那麼未經立法院行使同意權的二級機關的部長根本無法指揮三級機關的主管，這等於是允許以下犯上，完全破壞了國家的行政體制。

尤其如果上述三個機關以外的其他機關之人員，也要由立法院行使同意權的時候，行政體制必然大亂。我建議幾個重要的組織，例如：1、美國的NTSB國家運輸安全調查委員會（簡稱運安會），2、核能安全委員會（簡稱核安會）等可以由民進黨提出法案讓其成為獨立機關。