我國澎湖漁船疑因越界捕撈，遭中國海關登檢扣押後，馬英九基金會執行長蕭旭岑喊話賴清德政府，回歸中華民國憲法的「一中原則」，在承認「九二共識」的基礎上，務實處理兩岸關係。前總統馬英九本人今（5日）也透過臉書強調，兩岸關係絕對不是兩國關係，「我要非常嚴肅地提醒，民進黨不要一再玩火，置中華民國憲法與台灣安危於不顧。」
面對蕭旭岑的喊話。行政院長卓榮泰今於立法院回應，這個時候不是承認哪一個對方要求的條件就能夠化解威脅。就歷史來看，中華民國就是一個主權獨立的國家，中華民國台灣與中華人民共和國互不隸屬，我們要維持的是這個現狀。
馬英九則表示，第一次提出「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」的人是前總統蔡英文，當時他就公開指出，這種說法明顯違憲，遺憾的是，繼任的總統賴清德，在今年520就職演說再度喊出「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」的「新兩國論」，且不顧外界質疑，一直在各種公開場合反覆強調，上行下效，不僅行政院長跟著公開講，連陸委會副主委都在廣播節目稱兩岸就是兩國，渾然忘了當初陸委會成立的目的和定位。
馬英九指出，自從中共在1949年10月1日建政以來，海峽兩岸就處於「主權互不承認，治權互不否認」的特殊狀態。他擔任總統後處理這個議題一向高度審慎，絕不容許「中華民國與中華人民共和國互不隸屬」或「兩岸實質上就是兩國」這種嚴重傷害兩岸關係的言論出現。
馬英九批評，現在的民進黨政府對兩岸敏感議題毫無警覺與準備，一再扭曲與蔑視憲法，極度傷害憲法的崇高地位。從近來發生的事件來看，民進黨政府處理兩岸議題完全以意識形態出發，絲毫不顧台灣人民安危，遇到危機不僅束手無策，還祭出旅遊警示嚇唬民眾，根本沒有解決問題的能力，只讓事態不斷升高。
馬英九再指，陸委會主委邱垂正昨出面滅火，強調兩岸關係就是兩岸關係，這是賴政府執政至今，第一次有「大陸事務」相關的部會首長，明確把兩岸關係從「兩國」拉回「兩岸」，這算是一個好的開始，但明顯不夠，解鈴還須繫鈴人。賴清德應該公開且明確宣布，兩岸關係不是兩國關係，並要求各部會同調，不要再讓兩岸關係出狀況。
馬英九也稱，兩岸關係現在危機四伏，民進黨政府必須小心謹慎，才能避免肇禍，連累國家與人民。尤其是擔任國家領導人的賴清德，他衷心勸告賴清德，要以台灣人民為念，把個人的意識形態與政治主張放一旁，把台灣民眾的安全與福祉放最優先。
