遠東航空於2019年宣布全面停航後，在2020年被交通部撤照，之後遠航就為復照和復航，歷經3年行政訴訟，不過最高行政法院仍在今年2月判決遠航敗訴，對此，遠航表示，不服判決提出新事證，移送台北高等行政法院再審，另外，也對前副董事長兼集團財務長鄭晴文提告。
遠航為了復航提出3年訴訟，不過最高行政法院在今年2月判決遠航敗訴表示，對此，遠航解釋，2019年12月12日未被授權的主管，向民航局表達暫停部分航線，卻被有心人士利用，讓交通部誤解為「停業」而撤照。
目前已提出新事證向行政法院聲請再審，內容包括人資處要求員工堅守崗位、答覆勞動部並無大量遣散員工計畫、機務處正常維修飛機待命起飛、以及不含管銷費用，迄至2020年3月底近2億元的人事支出等。
遠航也近一步指出，會被停業原因之一是前副董事長鄭晴文，在沒有具備授權之下表達「就飛到今天」，讓民航局誤信遠航要停業，並暗指鄭晴文為自己不法利益，嚴重侵害遠航將近1000多名員工的權益，強調願意與交通部好好的協調，雙方各退一步，共同為台灣旅客的權益攜手共進。
