今年公費流感疫苗全都是4價疫苗，且提供4種品牌疫苗分2階段施打，但因公費疫苗會依照各家廠商進貨時間，先到先鋪貨施打，有些家長對「高端」疫苗存有疑慮，希望可選其他廠牌。衛福部部長薛瑞元今回應，家長可拒在校園接種，拿補接種通知單到指定醫療院所讓學童打疫苗，但這個解方會讓接種疫苗延遲，恐有染疫風險。
疾管署表示，今年的公費流感疫苗全都是四價疫苗，有賽諾菲、國光、東洋和高端4個品牌，並分2階段施打，將採用「先到貨、先鋪貨、先使用」原則，不分廠牌讓民眾隨機接種。薛瑞元表示，所有的公費流感疫苗都經過嚴格的品質檢驗，達到效能和安全的要求，家長無需憂心，也無需特別選擇某一種疫苗；而公費疫苗的分發是依照廠商的供貨時間，先到先發先用。
薛瑞元說，家長如果想要選擇疫苗廠牌，可以不讓小孩在學校打公費流感疫苗，醫護人員會提供補接種通知單，家長可以拿著通知單到指定的醫療院所去接種想要的廠牌疫苗，雖然是公費的，但會延遲小孩打疫苗的時間，因此會有一些染疫的風險。
至於未來不同品牌的疫苗陸續進口後，學校接種是否能提供多種選項？薛瑞元表示，這在操作上不容易，因為醫院要將疫苗運到學校，不太可能同時攜帶數種不同的疫苗，而且每種疫苗都有保存期限，會增加作業上的困難，所以不會將多種品牌的疫苗一併運到學校。
疾管署指出，目前國內核准製造或進口之流感疫苗皆為四價不活化疫苗，製程以雞胚胎蛋培養製程為主，另有細胞培養製程，都已在國際上有多年使用經驗。根據美國疾病管制中心(CDC)建議，四價不活化流感疫苗，不論廠牌皆視為相同，建議民眾可接種任一符合仿單適用年齡之流感疫苗。
