進口蛋問題引發社會關注，國民黨立委候選人指出，有高屏物流業者透露，待5400萬顆蛋處理完畢釋出空間後，「還有更多蛋在海上準備進口」，質疑有圖利特定廠商之嫌，農業部則表示，為維持雞蛋安全庫存與因應秋冬禽流感可能性，須讓進口雞蛋專案持續執行。

農業部表示，為了維持基本的雞蛋安全庫存量，並因應秋冬可能出現的禽流感疫情，因此專案進口雞蛋須維持一定的數量。而執行專案進口雞蛋搭配滾動安全庫存，是為了確保消費者糧食安全，同時也不讓進口雞蛋打亂國內雞蛋供應的市場秩序，讓全民買得到蛋、吃的到蛋。

農業部表示，為了維持最低水位的安全庫存，專案進口部分規劃到年底每個月大約進口160萬到180萬顆，並視國內產量狀況滾動調整進口量。而經查，9月目前已自來源國離港正在海運中，尚未入關的共約96萬多顆，其中源自澳洲約佔2/3，泰國約1/3，後續仍須經報關及檢疫等完備相關程序。