民眾黨主席、總統參選人柯文哲近期接受日媒訪問談及釣魚台主權的說法，在台掀起爭議，不少人轟柯是為了討好日本，講出犧牲主權的話。柯文哲今(8)日澄清，自己從頭到尾都沒有說要犧牲主權，強調當天向日方轉達漁民的聲音，主張先務實解決老百姓面臨的問題，有爭議的慢慢再處理就好。至於國民黨總統參選人侯友宜競選工作室發聲明批評，柯反問，這麼多年也不見他們解決蘇澳漁民的問題，「這時候突然國家主權講一大堆，不然你平常在幹什麼？」
柯文哲近期赴日訪問，6日他接受日媒專訪談及釣魚台主權，稱「台灣的漁民不是要爭這塊土地，而是希望能在那邊捕魚。」此話一出立即引來不少批評，侯友宜競選辦公室第一時間也發出聲明表示，「釣魚台是中華民國領土，這是事實，國家元首應該拚全力捍衛國家領土，堅持國家主權，沒有任何退讓的空間，有領土，才有領海，才有經濟海域，才能讓我國漁民自由與安全地捕魚。在主權問題未解之前，馬政府與日方簽署的「台日漁業協議」應該積極落實，才能保障我們漁民的作業不受外力干擾。」
柯文哲今日接受媒體訪問時，針對此事回應表示，對他來說就是很務實的處理事情，他提到，自己有次去宜蘭蘇澳跟漁民舉行座談會，當地漁民抱怨去釣魚台捕魚，不是被驅趕就是被罰款，希望柯若見到日本高層能幫忙傳達漁民的心聲，因此這次訪日，在與日台交流協會會長及理事長晚宴時，他向日方傳達「爭議的後面再處理，但要先解決台灣漁民捕魚的問題。」
柯文哲無奈表示，他也知道選舉到了一定要這樣，穿鑿附會、小事擴大，這些他都理解，但對他而言，先解決老百姓面臨的問題，民生問題優先，否則講了一大堆，但漁民問題都還沒解決，一定要等到那些問題解決，不知道要幾年以後？「對我來講，我還是很務實，先解決老百姓每天遇到的問題，有爭議的慢慢再處理就好，反正也那麼多年了。」
對於外界質疑他的說法是討好日本、犧牲主權，柯文哲澄清「我們從頭到尾沒有說要犧牲主權，我也知道反正選舉到了，你要是前後文讀過去沒問題，但就截你一段，這也不叫穿鑿附會，這是斷章取義。」
