台南學甲88槍槍擊案的策畫共犯洪政軍及槍手孔祥志25日到案，26日先由警方偵訊後移送台南地檢署，檢察官複訊後向法院聲押孔祥志，洪政軍因前案被判刑9年遭通緝，訊問後發監。有媒體報導指稱，洪政軍宣稱動機為光電工程利益糾紛，不滿在押民進黨前中央委員郭再欽「整碗捧」，檢警則尚未公開證實。

台南地檢署26日晚間發布新聞稿指出，檢察官錢鴻明與台南市政府警察局刑事警察大隊等單位25日前往桃園機場押解甫從中國解送返台的洪政軍、孔祥志兩人到案，台南市警察局專案小組26日詢問後，當天下午解送至台南地檢署由檢察官複訊。

台南地檢署續指，檢察官複訊後，認定孔祥志涉嫌違反槍砲彈藥刀械管制條例及刑法恐嚇等罪嫌，犯嫌重大，且有湮滅證據、勾串共犯或證人之虞及有逃亡事實，26日晚間向台南地方法院聲請羈押禁見。洪政軍因前案遭法院判決有期徒刑9年定讞，因傳喚拘提未到，經台南地檢署發布通緝。檢察官訊問後，諭知發監執行。

外界關心兩人犯案動機，警方認為兩人供詞反覆，且不排除為誤導警方偵辦步驟，因此口風緊不願多談。據了解，洪政軍已向警方供稱就是外界傳聞沸沸揚揚的光電利益；因不滿郭再欽「整碗捧」，不履行已故學甲聞人陳世銘生前協調的工程分配，事後有耳聞郭再欽還動用警政關係要追緝要通緝的他，才會不滿策畫這起槍擊案報復。

外傳槍擊案也與南市正副議長選舉有關，警方回應，迄今未有具體事證，持續追查中。警方也掌握洪政軍及孔祥志，兩人是在去年11月間從台南安平港搭漁船偷渡出境到中國，後情資顯示滯留在福建泉州一帶，兩人在中國是同住一起，也在上月18日同時遭中國公安逮捕。相關接應者是誰，是否還有藏鏡人，警方將持續追查。

台南市政府警察局刑警大隊大隊長林宏昇受訪時提到，專案小組追查重點在於槍擊案動機、槍枝下落及是否仍有共犯在逃，但兩人初步說法都避重就輕，包括已將作案用槍枝丟在海邊，並在去年11月一起透過漁船管道偷渡到中國等，專案小組追問是否有人接應時，兩人雖供出一些綽號，但有可能是推託說法，專案小組還要一一比對查證。

媒體詢問，外傳有前民意代表協助兩人偷渡，且犯案動機與光電利益、台南市正副議長選舉有關，林宏昇回應，這些都是傳聞，目前沒有這方面的相關情資，但仍會進一步查證，一切都依證據偵辦，也不會有政治上的壓力。洪政軍、孔祥志也向專案小組人員表示，逃亡期間飲食情況不理想，從25日到現在警方提供的飲食反而讓他們覺得「還是台灣好」。