新內閣名單出爐，多位閣員獲留任，農委會主委陳吉仲也在名單上，出乎外界意料，農業學者認為，陳吉仲任內將台灣農業徹底打造成「福利事業」。據悉，關鍵在於陳吉仲慣用補助政策，下任主委若無法延續，恐會招致批評，所以導致主委一職覓才困難。
台灣產業關聯學會名譽理事長、前台大農經系系主任兼所長徐世勳表示，陳吉仲應該仍會照著既定「福利政策」繼續補貼，雖不見得可以為執政黨的選票加分，但農業衰弱的體質依舊，倒楣的還是農民，他建議，陳吉仲應端出「真正能增強農業體質」的產業政策。
台大政治系教授楊永明指出，新內閣改組有問題，受民意質疑、表現不佳的部會首長沒有更換，他點名經濟部長王美花、衛福部長薛瑞元，以及陳吉仲等人，「難道蔡英文不認為去年選舉失利與執政有關？」
國民黨立委曾銘宗強調，陳吉仲把過去專業為主、政治性低的農委會，弄成最具政治考量的部會，留任繼續大撒幣補助，對執政黨是好事，但後遺症和爭議會愈來愈大，確實是「最該走卻沒走」的閣員之一。
資深媒體人黃暐瀚批評，過去兩年，兩岸關係日壞，農漁產品賣不過去，社會對陳吉仲不滿，他及薛瑞元兩人留任，讓新內閣「新瓶裝舊酒」味道十足，仇恨值下降不多，2024年怎麼贏回民意？同為資深媒體人的黃創夏質疑，薛瑞元、陳吉仲等人的風格，難道符合「溫暖堅韌」的內閣新定位？
