國安局長陳明通擔任台大國發所所長20多年期間，指導過173位碩博士生，當中包括許多綠營政治人物，卻陸續爆出抄襲案撼動政壇，這把火燒向陳明通國安局長的烏紗帽。在野黨立委頻喊話陳明通下台；連民進黨立委羅致政也說應考慮陳明通的去留，同黨立委許智傑4日更建議陳明通先道歉辭職。
究責陳明通的聲浪隨著論文風暴擴大而逐漸發酵，不只藍白齊轟，英系的羅致政也開綠營第一槍，直指以陳明通現在政務官的身分而言問題很大，有必要考慮陳明通的去留；新系的許智傑則指出，陳明通可以先考慮道歉辭職，教育部應對各大學畢業論文的標準做總檢討，尤其是提倡終身學習的在職專班，才不會因人或因校而有不同的結果。
論文風暴也引起學界譁然，痛批重創學術倫理規範，畢竟被陳明通指導過的學生可不少，在他擔任台大國發所所長20多年的時間，一共指導過173位碩博士生，除前新竹市長林智堅、桃園市長鄭文燦已被撤銷學位，前國發會主委陳美伶、屏東縣長潘孟安、民進黨立委邱志偉、郭國文、沈發惠高嘉瑜等人都是陳明通所指導的學生。
眼見林智堅、鄭文燦相繼落難，其他畢業生人人自危，就怕被掃到颱風尾。民進黨立委郭國文表示：「我論文的內容其實是公開的訊息，到處在圖書館也好、網路上也好，其實都可以下載，我希望這波論文事件能夠趕快告一個段落。需要被檢驗的，其實不只是民進黨的從政黨員。」
面對質疑聲浪，陳明通一度搬出國安局長的身分當擋箭牌，對林智堅的論文風波避而不談，如今鄭文燦的論文也被撤銷，成為他第二個論文涉及抄襲的學生。行政院長蘇貞昌回應：「相關學術的問題就由學術機關依相關的程序來處理，每一個人就自己的各種情勢有自己的判斷，我們都尊重。」
