憲法法庭於5月24日舉行《農田水利法》違憲案的言詞辯論，但邀請4位出席的專家學者當中，有3位認為新法並不違憲，其中1位學者吳啓瑞為台灣水資源與農業研究院二所所長及助理院長。前台南縣長蘇煥智身為此案的訴訟代理人，他指出這個研究院的背後是「財團法人台灣水資源與農業研究院教育基金會」，董事長是專業在經濟領域的吳榮義，該基金會於2016年8月蔡英文就職後成立，短短5年內，接受政府委託案55件，委託總金額高達2.8963億元，他痛批民進黨政府花錢收買學者，就是為了沒收水利會。
《農田水利法》於2020年7月3日經立法院通過三讀，將農田水利會改制為「公務機關」，資產收歸國有，當時農委會主委陳吉仲表示，改制能使農業用水有效調度，但遭民團批評，台灣農田水利硏究發展基金會董事長暨反消滅水利會全國自救總會長黃金春痛批，「（沒想到）將近60年的今天，我出來抗爭的對象竟然是我一輩子期待支持的民進黨」。國民黨立委也一致反彈，認為民進黨掠奪人民財產。
為阻止民進黨政府剝奪自治團體的權利，38位國民黨立委和水利會自救會代表於2020年7月7日聲請釋憲，但遭大法官以聲請人不是審查法案的立委，而且沒有先提法律修正案等理由，決議不受理該案。因此，國民黨38位立委及反消滅水利會全國自救會會長黃金春等人於2021年3月5日第二度聲請釋憲。
憲法法庭於今年5月24日舉行有關農田水利法部分條文違憲案的言詞辯論，前台南縣長蘇煥智代表全國農田水利會自救會及費鴻泰等38位立法委員聲請人，以訴訟代理人身份出席憲法法庭，進行言詞辯論。蘇煥智痛批蔡政府是重蹈「1937年納粹希特勒沒收全國水利會」的覆轍，且擔心未來農業灌溉水被財團拿去做為工業用。
不過，憲法法庭上邀請了4位學者出具意見，包括中研院副研究員吳宗謀、台灣水資源與農業研究院助理院長吳啟瑞、東吳大學教授程明修，以及台北大副教授陳愛娥，庭上除吳宗謀認為新法有違憲之虞外，其餘三位都認為新法合憲。
蘇煥智特別點名吳啟瑞，「憲法法庭邀請一位專家吳啓瑞，卻掛著『台灣水資源與農業研究院』二所所長及助理院長職務。我很好奇怎麼會有這一個組織呢？」他指出，這個研究院的背後為「財團法人台灣水資源與農業研究院教育基金會」，是2016年8月蔡英文就職後才成立的基金會，「吳榮義還是董事長。這好像不是他的專長，怎麼手伸那麼遠？」
蘇煥智批評，這個基金會在成立短短5年內，共接受政府委託案55件，委託總金額高達2.8963億元，而其中光是農委會及農田水利處的委託的案件就有38件，金額高達2.26億元。「這令我不禁聯想到這個所謂『研究院及基金會』，根本就是為了『沒收農田水利會，改制公務機關』，用來收買學家及專家的白手套。」
蘇煥智查閱吳啟瑞的碩士論文，發現他於107年7月在政大科法所的碩士論文題目為「農田水利會公法人困境與制度續造」，而且吳啟瑞在論文結論提出明確意見「本文認為，農田水利會公法人為既存之行政主體，其組織人員與公益資產之保障，以及自治功能之重要性，應在組織變革選擇中納為重要關鍵因素與行政組織法之原理原則並行判斷」。
除了呼籲考量農田水利會的自治功能，吳啟瑞還指出「再者，學者Elinor Ostrom提出永續經營之灌溉組織所服膺之八項原則，以及德國、荷蘭及日本均採行自治團體之農田水利組織體制，都再度強化本文大膽提出的最終建議：社團公法人仍為農田水利事業體最佳經營模式」。顯示他於碩士生研究期間認為農田水利會不應改制為公務機關，而應維持社團公法人的模式。
蘇煥智強調，吳啓瑞的論文結論證明了「將農田水利會改制為公務機關，並沒有必要性；反而是開政府組織再造的歷史倒車！」，而且也証明吳啟瑞在憲法法庭所提供的意見，完全違背其碩士論文的研究結論。蘇煥智怒批，蔡政府為了「沒收水利會」，用2.9億來收買學者專家、消滅吳啓瑞的研究結論，等於「重蹈『1937年納粹希特勒消滅德國水利會，財產收歸國有』的覆轍！根本就是『花錢改惡，貪圖民產』」。
蘇煥智指出財團法人台灣水資源與農業研究院教育基金會5年內，共接受政府委託案55件。 圖：擷取自蘇煥智臉書
蘇煥智指出財團法人台灣水資源與農業研究院教育基金會接受政府委託案近2.9億元。 圖：擷取自蘇煥智臉書
蘇煥智批評政府收買學界，就是為了沒收農田水利會，改制公務機關。 圖：擷取自蘇煥智臉書
