清華大學海峽研究院於清華大學設辦公室，近日被教育部認定遭中共勢力滲透、違反兩岸條例，教育部更進一步表示，打算全面盤點各大專校院兩岸交流情形。消息一出，不僅引來學術界撻伐，也被台大校長管中閔點名「應注意用詞」，作家白先勇也說，當年台大校長傅斯年不讓政府入校的精神應維持至今。教育部長潘文忠今（17）受訪時重申，學術自由不能牴觸法律，近來中共不斷文攻武嚇，台灣方面應該更留意，且大學運用公共資源，教育部是在替大學「把關」，強調「這不是限制」。
台大15日舉行創校九十三年校慶活動，管中閔受訪時表示，兩岸交流合作過去是受鼓勵的，不能因政府今天不喜歡就說此類學術交流是錯誤的，這心態可議。他強調，兩岸交流是大學自治的一部份，最近教育部說要「徹查」各大學，讓他不禁想反問「憑什麼查？」呼籲教育部注意用詞，照理來說，教育部只能請各大學查看校內情況。
當天獲贈台大名譽博士的作家白先勇也指出，他就讀台大時，校長傅斯年不讓政府查台大，他認為這種精神應維持至今，「無論藍、綠、左、右，都不能干預學術」。白先勇表示，政府質疑大專校院的兩岸交流，這種想法太狹隘，且政府若自我限制，對學術發展沒有好處。白先勇進一步說，大學就是百家爭鳴的地方，舉凡美國哈佛大學、英國牛津大學，若遇到政府徹查，也一概不會讓政府入校。
教育部長潘文忠今日接受《新聞不芹菜》專訪，與談主題是「紅共入侵校園？潘文忠怎麼辦？」。主持人黃光芹表示，清大事件引起社會關注，對於教育部說要查核各校，管中閔和白先勇對此事也有回應。潘文忠則強調，清大租用校舍、允許對岸研究院來台設立分支辦公室，不但違法，也未經過相關程序申請許可，表示「這不涉及學術自由」。他說，大學法開宗明義規範必須在法律範圍實踐，也訂有程序讓學校能申請許可，但清大租用校地已抵觸法令，本身就該依法處理。
潘文忠緩頰，管中閔或白先勇可能以為這是一般學術交流被調查，但事實是中共組織在台灣校園設置辦公室，也沒有經過主管機關許可，這個組織是法律所不允許的組織。潘文忠說，兩岸人民條例對於學術交流有一定規範，大學運用很多社會資源，包含合作內容、合作事務等，各方面透明可稽是必要的。他指出，教育部也是在幫大學把關，強調「不是限制」，主要是要提醒，台灣高科技研發成果豐碩，不少國內頂尖學者運用公共資源進行高科技研發，這部分涉及國家高機密，教育部尊重學術自由。
